儿童耐多药结核病影响因素分析及全基因组测序用于儿童耐药结核病的检测效能分析

来源 :重庆医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:yutianweixiuwang
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目的:我国是耐多药结核病(Multidrug-resistant tuberculosis,MDR-TB)全球最严重的国家之一。本研究旨在分析儿童耐药结核病(Drug-resistant tuberculosis,DR-TB)和MDR-TB的临床特点、影像学特征及发病相关的风险因素。方法:收集2015年7月至2020年11月重庆医科大学附属儿童医院感染科结核病患儿的208株结核分枝杆菌培养阳性菌株。采用比例法药物敏感性试验(Drug susceptibility test,DST)检测异烟肼、利福平、乙胺丁醇、利福喷丁、阿米卡星、丙硫异烟胺、左氧氟沙星和莫西沙星的耐药性,行全基因组测序(Whole-genome sequencing,WGS)鉴定基因型。根据耐药、基因型及病情程度分组,回顾性分析各组患儿的人群特征、诊断和治疗结局等资料。结果:共201/208例病例进行结核耐药分组研究,其中耐多药组13例(13/201,6.5%),耐药组30例(30/201,14.9%),敏感组171例(171/201,85.1%)。208例患儿中,L2组(谱系2)154例(154/208,74.0%),L4组54例(54/208,26.0%);重症组146例(146/208,70.2%),非重症组62例(62/208,29.8%)。耐多药组、耐药组和敏感组中性别、年龄、民族、居住地、居住省份、入院年份、结核病接触史、有效治疗前症状持续时间和抗结核治疗的分布差异均无统计学意义(P>0.05)。耐多药组卡介苗接种率显著低于敏感组,差异有统计学意义(P<0.05)。耐多药组中13例(13/13,100.0%)诊断为重症结核病,比例显著高于敏感组的67.3%(115/171),差异有统计学意义(P<0.05)。92.3%(12/13)耐多药组患儿诊断为肺结核并发肺外结核,高于敏感组的52.6%(90/171),差异有统计学意义(P<0.05)。耐多药组30.8%(4/13)的患儿治疗失败或死亡,高于敏感组的6.4%(11/171),差异有统计学意义(P<0.05)。重症组和非重症组中住院次数、第一次住院时长、诊断、治疗方案和治疗结局的分布差异均有统计学意义(P<0.05)。二元logistic回归分析结果显示,未接种卡介苗TB患儿的MDR-TB发病风险为接种的4.39倍(OR=0.228),MDR-TB诊断为肺结核并发肺外结核风险为非MDR-TB的13.39倍(OR=13.386)。结论:相比于药物敏感型TB,儿童MDR-TB的卡介苗接种率较低,接种卡介苗为MDR-TB的保护因素;儿童MDR-TB可能更多的累及肺及肺外器官,重症病例更多。重症TB和MDR-TB患儿治疗失败或死亡比例更高。目的:评估WGS用于检测儿童感染的结核分枝杆菌耐药性的检验效能。方法:采用比例法DST和WGS分别检测208株成功复苏的结核分枝杆菌的异烟肼、利福平、乙胺丁醇、丙硫异烟胺、利福喷丁、左氧氟沙星、莫西沙星和阿米卡星8种抗结核药物的耐药性。以比例法DST为金标准,评估WGS与比例法DST结果的一致性。结果:比例法DST结果显示,82.2%(171/208)结核分枝杆菌对所有8种药物敏感,17.8%(37/208)对至少一种抗结核药物耐药,与WGS结果基本一致。以比例法DST为金标准,WGS检测异烟肼、利福平、乙胺丁醇、利福喷丁、丙硫异烟胺、左氧氟沙星、莫西沙星和阿米卡星的Kappa值分别为0.84、0.89、0.59、0.86、0.89、0.82、0.88和1.00。WGS检测结核分枝杆菌异烟肼耐药的灵敏度、特异度、阳性预测值和阴性预测值分别为84.0%、98.4%、87.5%和97.8%;利福平为100.0%、98.5%、81.3%和100.0%;乙胺丁醇为57.1%、97.9%、66.7%和96.9%;利福喷丁为87.5%、99.0%、87.5%和99.0%;丙硫异烟胺为100.0%、99.5%、80.0%和100.0%;左氧氟沙星为100.0%、98.5%、70.0%和100.0%;莫西沙星为100.0%、99.0%、80.0%和100.0%;阿米卡星为100.0%、100.0%、100.0%和100.0%。结论:WGS检测儿童感染的结核分枝杆菌异烟肼、利福平、利福喷丁、丙硫异烟胺、左氧氟沙星、莫西沙星和阿米卡星耐药性结果与比例法DST的一致性强,可用于临床诊断。乙胺丁醇耐药性检测结果的一致性差,建议使用WGS和比例法DST共同判定乙胺丁醇的耐药性。目的:本研究旨在明确儿童感染的结核分枝杆菌的耐药相关基因突变位点,寻找新型突变位点,并验证其功能。方法:(1)在前期比例法DST检测208株结核分枝杆菌的异烟肼、利福平、乙胺丁醇、丙硫异烟胺、利福喷丁、左氧氟沙星、莫西沙星和阿米卡星8种抗结核药物耐药性的基础上,使用WGS检测8种药物的耐药相关基因突变位点。(2)通过无缝克隆方法将聚合酶链反应扩增的目的基因Rv3795Ala356Val整合到p MV261载体。抽提质粒并测序验证,阳性质粒通过电转化方法转入耻垢分枝杆菌野生型菌株中,获得过表达菌株。采用液体96孔板鉴定转化菌株的乙胺丁醇最小抑菌浓度。结果:(1)在208株菌株中,25株经比例法DST鉴定为异烟肼耐药,其中21株存在3种异烟肼耐药相关基因突变位点,即kat G Ser315Thr(19/25,76.0%)、fab G1-15C>T(2/25,8.0%)和inh A Ile194Thr(1/25,4.0%)。突变位点kat G Ser315Thr和fab G1-15C>T分别在异烟肼耐药和敏感菌株间的分布差异有统计学意义(P<0.05)。突变位点eth A 140140del、eth A 938939ins T、fab G1-15C>T和inh A Ile194Thr分别在丙硫异烟胺耐药和敏感菌株之间的分布差异有统计学意义(P<0.05)。突变位点fab G1-15C>T和inh A Ile194Thr与异烟肼和丙硫异烟胺交叉耐药相关。rpo B基因435位和445位密码子突变在利福平耐药和敏感菌株之间的分布差异有统计学意义(P<0.05)。乙胺丁醇耐药菌株中,最常见的突变为306位密码子,占35.7%(5/14);其次为406位密码子,占14.3%(2/14)。emb B基因306位和406位密码子突变在乙胺丁醇耐药和敏感菌株的分布差异有统计学意义(P<0.05)。Ala356Val位点在两种菌株间的分布差异无统计学意义(P>0.05)。(2)成功构建了耻垢分枝杆菌过表达Rv3795Ala356Val菌株,该菌株和耻垢分枝杆菌野生型的乙胺丁醇最小抑菌浓度均为5μg/m L。结论:儿童耐药突变位点的类型及频率分布与既往研究相似,未发现新型突变位点。异烟肼耐药的MTB菌株中kat G基因Ser315Thr位点突变率最高,不建议使用大剂量异烟肼治疗异烟肼耐药结核病。使用丙硫异烟胺治疗MDR-TB时需明确其耐药性。结核分枝杆菌emb B基因Ala356Val突变位点不能增加耻垢分枝杆菌乙胺丁醇的最小抑菌浓度,可能与乙胺丁醇耐药性的产生无关。
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