现代质谱仪产生大量的质谱数据（质谱指纹）,通常用于鉴定纯物质或复杂体系全部或组分的分子种类和构成,这需要很专业的分析并相当费时。直接利用质谱指纹实现复杂成分食品真实性的判别及产品追溯无疑是创新的方法学研究。本研究旨在探索六种家畜乳的质谱指纹特征,并试图建立基于乳脂肪质谱指纹的家畜乳真实性判别模型。采集蒙古马（马）、荷斯坦牛（牛）、双峰驼（驼）、山羊、牦牛和水牛乳代表性样品56份,正己烷提取乳脂肪,超临界流体色谱-四极杆-飞行时间质谱仪（SFC-Q-TOF-MS）进行电喷雾电离源正离子模式（ESI+）质谱采集,得到总基峰色谱图（BPI）和总质谱指纹图（MS）。鉴定六种家畜乳脂肪中的甘油三酯分子（TAGs）进行PCA分析,作为标准对比评价质谱指纹的聚类效果。对BPI和MS图进行有效保留时段、特定质荷比及分子离子相对丰度等三维度截取,获得多组质谱指纹数据,进行主成分分析（PCA）和层聚类分析（HCA）。同时也鉴定六种家畜乳脂肪中的甘油三酯分子（TAGs）,进行PCA分析,对比评价质谱指纹和化学指纹对乳样的聚类效果。最后,选择聚类效果最好的质谱指纹和PCA条件参数建立SIMCA模型。BPI图显示六种家畜乳存在明显的物种差异,提示以色谱指纹建立物种真实性判别可行。六种家畜乳正己烷提取物共鉴定出113种TAGs,分子量在470～880之间,PCA分析乳样以物种聚类,以此结果为标准,直接对质谱指纹进行PCA分析,观察各质谱段对乳样的聚类效果,并选出截取效果最优段。BPI图截取保留时间5～14min段,MS图横轴截取乳TAGs分子离子480～910 m/z段,纵轴截取相对丰度30%以上,获得变量数（分子离子及碎片）3092个的质谱指纹,进行PCA分析效果最佳,聚类特征符合物种分类学规律。马乳、双峰驼乳与牛科家畜乳分别在空间三个不同相区聚类;牛科的牛、牦牛、水牛和山羊乳聚类很近,聚类距离符合牛属（牛和牦牛）、水牛属和山羊属的分类,基本达TAGs聚类分析的效果。发现有机和非有机荷斯坦牛乳分开聚类,提示乳TAGs和脂肪酸指纹不同。HCA分析与PCA结果一致。以本次研究最佳指纹截取和PCA参数建立SIMCA模型,进行家畜乳物种判别,内部和外部验证准确率分别为100%和95%,证明用乳脂肪质谱指纹进行家畜乳真实性的快速判别可行,为家畜乳真实性判别和追溯提供了一种创新思路、策略和技术。