目的通过对TCGA数据库中胃癌高通量测序数据进行分析,探讨胃癌差异表达基因（DEGs）及其相关生物学意义,筛选出胃癌预后相关基因,为后续研究提供基础。方法从TCGA数据库中下载343例胃癌组织和30例正常组织中的RNA-seq表达矩阵数据,利用Perl5.28.1软件及采用R语言进行数据整理与合并后统一标准化分析。分别利用edge R和Deseq软件包分别进行基因表达差异分析;将两种方法筛选到的差异基因取交集,然后利用DAVID在线数据库（https://david.ncifcrf.gov/）及KOBAS数据库（http://kobas.cbi.pku.edu.cn/）对差异表达基因（DEGs）进行了基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）分析。再利用相互作用基因（STRING）数据库（http://STRING-db.org/）检索工具建立蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,并用Cytoscape软件进行可视化。利用MCC、Degree算法,分别筛选出前TOP10个显著差异表达基因后取交集作为关键基因,然后通过模块分析进行验证。对筛选得到的差异基因进行KM生存分析,Log-rank检验,最终筛选出与胃癌预后相关的差异基因。结果通过edge R和DEseq分析后交集得到1560个显著差异表达基因（DEGs）。随后对其GO分析及KEGG分析,发现这些基因主要富集补体激活经典途径、受体介导的内吞作用、蛋白水解、参与吞噬作用的Fc-γ受体信号通路、调节免疫应答、Fc epsilon受体信号途径、免疫应答、吞噬作用,识别、B细胞活化阳性调节、消化、B细胞受体信号途径、离子跨膜转运、胶原分解代谢过程、表皮细胞发育、角质形成细胞分化、对药物的反应（BP）;细胞外区、细胞外间隙、血微粒、质膜、细胞外体、蛋白细胞外基质、免疫球蛋白复合物,循环、质膜组成成分、顶端质膜、Z盘（CC）;抗原结合、丝氨酸型内肽酶活性、免疫球蛋白受体结合、金属内肽酶活性（MF）等。KEGG通路分析提示差异表达基因主要集中在细胞色素P450对异生物素的代谢、化学致癌作用、神经活性配体-受体相互作用、新陈代谢途径、药物代谢-细胞色素P450、蛋白质消化吸收、视黄醇代谢c AMP信号通路、脂肪的消化吸收等通路上。利用STRING数据库检索工具建立蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,在Cytoscape中利用MCODE插件及Cytohubba插件筛选得到5个显著差异基因作为候选中心节点,分别为GNGT1、GNG7、ANXA1、PENK、CHRM2。然后将筛选得到的这5个候选中心节点,利用在线生存分析网站Kaplan-Meier Plotter,将筛选出的5个候选中心节点进行生存分析,用Log-rank检验,P<0.05具有统计学意义。结论本研究得到了胃癌中异常表达的差异基因及相关通路,并证实了PENK、GNGT1可能成为胃癌预后判断的指标,PENK、GNGT1是预后不良因素,高表达与患者生存期缩短显著相关。