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背景和目的自然流产（Spontaneous Abortoin,SA）是女性在孕28周内发生胚胎自然停育的常见疾病之一,近年来,SA发病率呈逐年上升趋势,给临床诊治带来了很大的挑战,多项流产病因学研究表明,胚胎染色体异常占到50%以上,由于SA病因种类复杂多样,最终的确诊往往需要与实验室的辅助检查相结合。在染色体的检测方法中,染色体核型分析一直广泛应用于染色体疾病的诊断,但对于流产物的检测失败率较高。随着染色体检测技术的发展,出现了染色体微阵列分析（CMA）、低深度基因组测序（CNV-seq）等,使对染色体的检测分辨率达到了基因组水平,由于临床上最常见的流产类型为稽留流产,样本易发生降解,采用CMA检测对结果影响较大,常常使数据质量失控且检测成本高昂,相比之下,低深度基因组测序（CNV-seq）有检测结果不受样本微降解的影响,检测成功率高,周期短,成本低等优势,但CNV-seq也有一定的技术局限,如无法检测SA样本中的多倍体及单亲二倍体,单纯运用CNV-seq检测会造成这类结果的假阴性,因此,提出将CNV-seq与短串联重复序列（STR）联合检测的方法来解决这一问题,以提高CNV-seq对流产样本的阳性检出率。本研究采用了联合分析方案,即CNV-Seq+短串联重复序列（STR）分型的方法对流产组织样本进行检测,同时运用染色体核型分析进行检测比较,以评估该方案在流产病因诊断学中的可行性及应用价值,为临床的精准诊断提供更可靠的检测方案。方法（1）选取自2019年6月至2021年6月在河南省妇幼保健院就诊,明确诊断为稽留流产的患者共572例,患者知情同意的情况下进行无菌清宫术,取流产组织样本,并抽取夫妇双方的外周血。该研究经河南省妇幼保健院伦理委员会伦理同意。（2）572例SA组织样本同时进行CNV-Seq、STR分型检测;对有差异的结果使用染色微阵列微阵列芯片（CMA）进行验证,分析比较CNV-Seq方案与CNV-Seq+STR联合方案对流产样本的检出差异。（3）随机选取其中的236例SA组织样本进行G显带染色体核型分析,分析比较CNV-seq+STR与G显带核型分析两种方法对流产样本的检出差异。（4）选取10例染色体结构异常的胚胎样本进行家系验证,根据不同的变异类型对父母外周血进行G显带染色体核型分析或CNV-seq验证,特殊病例运用MLPA方法进行验证。结果（1）572例SA组织样本同时进行CNV-Seq、STR分型检测,运用CNV-Seq方案检出染色体异常为275例,占48.1%,CNV-seq+STR联合方案检出染色体异常为313例,占54.7%,在CNV-seq方案检出的阴性样本中,CNV-seq+STR联合方案补充检出38例染色体异常,占6.6%,两种方案的检出率相比差异具有统计学意义（P＜0.05）。（2）CNV-seq+STR分型与G显带染色体核型分析对236例SA组织样本同时进行检测,CNV-seq+STR检测成功236例,成功率100%,G显带染色体核型检测成功210例,26例检测失败,检测成功率89.0%,两种方法的检测成功率相比差异具有统计学意义（P＜0.005）。（3）CNV-seq+STR分型与G显带染色体核型分析两种方法对236例SA组织样本同时进行检测,CNV-seq+STR分型检出染色体正常为99例（41.9%）;G显带染色体核型分析检出染色体正常为109例（46.2%）,两种方法对染色体正常结果的检出率相比差异无统计学意义（P＞0.005）,CNV-seq+STR分型检出染色体异常为137例（58.1%）;G显带染色体核型检出染色体异常为101例（42.8%）;两种方法对染色体异常结果的检出率相比差异有统计学意义（P＜0.005）,CNV-seq+STR分型检出染色体数目异常为102例（43.2%）,G显带染色体核型分析检出染色体数目异常为91例（38.6%）,两种方法对染色体数目异常的检出率相比差异无统计学意义（P＞0.005）;CNV-seq+STR检出染色体结构异常（CNVs）为24例（10.2%）,G显带核型分析检出染色体结构异常为8例（3.4%）,两种方法对染色体结构异常（CNVs）的检出率相比差异具有统计学意义（P＜0.05）;CNV-seq+STR分型检出嵌合体9例（3.8%）,染色体核型分析检出嵌合体2例（0.8%）,两种方法对嵌合体的检出率相比差异具有统计学意义（P＜0.05）;CNV-seq+STR分型与染色体核型分析两种方法对236例SA组织样本的整体检出结果相比差异具有统计学意义（P＜0.05）。（4）CNV-seq检出染色体非整倍体异常为233例,其中涉及的染色体包括2～11号、13～18号,20～22号及性染色体,以16号、22号及性染色体非整倍体集中分布:16三体为50例（21.5%）,22三体为41例（17.6%）,性染色体非整倍体为39例（包含复合型三体及嵌合体）,占16.7%。（5）10例SA样本家系验证结果:运用CNV-seq进行6例SA胚胎的家系验证:2例致病性的拷贝数变异（p CNVs）遗传自母亲,2例意义不明确的拷贝数变异（VOUS）遗传自父亲,1例VOUS遗传自母亲,1例VOUS为新发变异;运用染色体核型分析进行4例SA胚胎的家系验证:2例p CNVs源于母亲的平衡易位,1例p CNVs源于父亲的平衡易位,1例p CNVs为新发变异。（6）将572例研究对象按照年龄分组即非高龄组（＜35岁）组和高龄组（≥35岁）,比较两组的数目异常率及基因组结构异常率,非高龄组数目异常率为43.3%,高龄组数目异常率为61.6%,两组异常率相比差异有统计学意义（P＜0.005）,非高龄组基因组结构异常率为8.9%,高龄组基因组结构异常率为8.0%,两组比较差异无统计学意义（P＞0.005）;按照流产发生次数分为单发组（＜2次）和多发组（≥2次）组,比较两组的数目异常率及基因组结构异常率,单发组染色体数目异常率为50.8%,多发组染色体数目异常率为44.2%,两组比较差异无统计学意义（P＞0.005）;多发组基因组结构异常率为7.5%,多发组基因组结构异常率为9.5%,两组比较差异无统计学意义（P＞0.005）。结论（1）低深度全基因测序（CNV-Seq）可以快速准确检出染色体非整倍体异常及非平衡性的基因组拷贝数变异,与短串联重复序列（STR）分型的联合检测可有效补充对多倍体及单亲二倍体异常的检出,显著提高流产样本的整体检出率及检测成功率,CNV-Seq与短串联重复序列（STR）分型可广泛应用于查找流产病因的检测分析,具有较高的临床应用价值。（2）本研究检出河南郑州地区233例早期流产胚胎的染色体非整倍体异常呈现以16号、22号及性染色体集中性高发的分布特点。