禾谷丝核菌基因组大小的预测及系统发育学分析

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丝核菌属(Rhizoctonia)真菌类群繁多、分布范围广泛,大部分类群为植物病原菌,可引发多种严重植物病害。其中,禾谷丝核茵(Rhizoctonia cerealis)可以导致小麦纹枯病,是该病的主要病原菌。茵丝融合群(anastomosis group)是丝核茵最经典的分类方法。目前为止,多核丝核茵共分为14个融合群,双核丝核茵共分为21个融合群。其中禾谷丝核菌是双核丝核茵,属于AG-D融合群。目前对该菌的基因组序列还无报道,对其系统发育学研究也需进一步深入。因此本研究利用实时定量PCR绝对定量的方法对禾谷丝核茵标准菌株R0301的基因组大小进行了预测,并利用翻译延伸因子(translation elongation factor, tef)基因序列对禾谷丝核茵和其他丝核菌融合群进行了系统发育分析,为今后研究禾谷丝核茵的基因组奠定基础。首先用真菌tefA基因通用引物对分离自江苏南京的强致病力禾谷丝核菌R0301菌株的基因组进行了扩增,对克隆测序得到的序列进行Blast分析,结果表明该序列确为禾谷丝核菌的tefA基因序列。应用Southern杂交方法证明了tefA基因在禾谷丝核菌基因组中是单拷贝。利用实时定量PCR绝对定量的方法对已进行全基因组测序的多核立枯丝核茵AG-1-IA标准菌株GD118、AG-1-IB标准菌株7/3/14进行基因组大小的预测。以绝对定量的标准品制作标准曲线,PCR扩增标准菌株的tefA基因进行定量,依据Wilhelm提出的公式计算得到两株标准菌株的基因组大小。该方法预测的结果与基因组测序拼接的基因组大小较接近。结果表明实时定量PCR方法适用于多种真菌进行基因组大小的预测,也可以用于丝核菌的基因组大小预测。实时定量PCR技术可作为一种快速、简便的方法来预测丝核茵基因组大小。本研究利用实时定量PCR技术对禾谷丝核菌R0301菌株进行了基因组大小的预测,首次预测了禾谷丝核茵的基因组大小位于32.2-36.6 Mb。本研究运用实时荧光定量PCR技术首次预测了禾谷丝核茵的基因组大小,对于物种分类、鉴定、系统发育和其致病机制等方面有重要意义,也为全基因组的测序和拼接奠定了一定的基础。从山东、河南、河北和安徽等地小麦田采集分离的18株禾谷丝核菌株及其他融合群的11株标准菌株的tefA基因序列进行了克隆,并挑选阳性克隆进行测序,将这些菌株的tefA基因序列进行了遗传进化分析。克隆测序和PCR产物测序得到的序列一致,且不同克隆问的序列不存在多态性。系统发育树显示,tefA可以很好地区分丝核菌的融合群和融合亚群,且同一融合群及同一菌株之间没有异质性,可作为丝核茵分类鉴定的分子标记。扩增丝核茵同一融合群不同菌株的tefB基因序列,将PCR纯化产物进行克隆测序,并对得到的序列进行了系统进化分析。系统发育分析显示,tefB可以很好地区分丝核茵与其他伞菌纲真菌,但是同一融合群间的菌株具有遗传多样性,序列保守性不及tefA基因。最后,依据tefA基因序列和翻译的氧基酸序列,分析了该基因的结构特征,并按照氨基酸序列预测了二级和三级结构,tefA的二级结构是以卷曲和a-螺旋为主要的结构元件,没有β撕叠和p-转角结构;其目标蛋白序列与模型序列的相似度很高,可认为目标蛋白的三维结构与模型三维结构基榭目似。本研究通过Southern杂交技术确定了禾谷丝核茵体内tefA基因为单拷贝,应用实时定量PCR技术预测了禾谷丝核茵的基因组大小。利用矽基因对不同融合群的丝核茵系统发育学分析结果表明tefA可以很好地区分丝核茵的融合群和融合亚群,且同一融合群及同一菌株之间没有异质性,tefB可以很好地区分丝核茵与其他伞茵纲真茵,但是同一融合群间的茵株具有遗传多样性。研究结果为今后探索tef基因作为丝核茵分类鉴定的分子标记奠定了重要基础。
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