公益性科研院所主要向社会提供公共服务,研究成果具有公共产品的属性,不具有排他性及竞争性,主要服务于社会效益显著而经济效益不明显的行业或产业,此类科研机构主要使用国家的财政资金,因此要最大限度的体现和维护公众利益,为国家的特定目标服务,项目经费管理在此类科研院所整体管理中占有举足轻重的地位,而预算管理是科研项目经费管理的核心,因此,加强并完善项目经费预算管理对此类科研院所至关重要。　　 本文通过阅读和梳理财务管理、预算管理、会计学、项目管理等相关理论,特别是预算管理的大量文献,结合我国各类项目经费管理办法和国内外企事业单位实施项目预算管理的先进经验,对科研项目经费管理的相关理论和现行我国科研项目经费管理方式及相关政策进行了概括介绍；本文主体部分以笔者工作的中国地震局地质研究所科研项目经费预算管理的现状和存在的主要问题进行分析,针对目前存在的问题,引入绩效预算理论,构建完善的项目经费绩效预算管理体系,以有效改善研究所目前在项目经费预算管理中存在的问题。　　 本文的研究对该研究所提升项目经费预算管理水平、全面提高科研水平、高质量的完成科研项目、增强研究所争取科研项目的能力具有现实意义。同时中国地震局地质研究所项目经费预算管理不是一个特例,项目经费绩效预算管理体系是一个可以加以推广的适用于科研院所的项目经费预算管理模式,对其他公益性科研院所完善项目经费预算管理、丰富理论研究成果具有借鉴意义。