协同创新已经成为了我国技术创新重要模式之一,目前中国的协同创新存在很多问题,协同创新是在政府的指导下,以市场为导向,企业为主体,大学和研究机构为主力军、金融机构为支撑的创新模式,但是我国现阶段的协同创新大多是政府带头、政府出资,市场和金融机构没有很好的进入协同创新中来。而对于创新,没有市场和金融的支持很容易流于形式,无法把协同创新的优势完全发挥出来。协同创新的资金来源主要有政府、企业及金融市场。现阶段,政府通过采购制度、R&D风险投资及税收优惠政策支持协同创新发展起到了一个带头的作用,企业资金是我国协同的主要来源,而金融市场资金还处于一种观望状态,导致了协同创新资金来源不足等情况。但我国已经在这方面开始探索,像上海孵化器、武汉科技金融创新中心都为协同创新提供了一个良好的金融支持环境。本文通过系统仿真的方法研究协同创新的各方资金来源之间的关系,分析了在协同创新各个阶段各方资金所扮演的角色,认为在协同创新相当成熟之后,金融资金将成为协同创新的主要资金来源,而信息不对称是影响金融资金参与协同创新的主要因素。基于仿真结果与对协同创新资金来源的系统分析,对我国协同创新模式的探索提了一些建议。