鰕虎鱼类隶属于鲈形目、鰕虎鱼亚目,是世界上种类最多,分布最广的鱼类之一。估计全世界的鰕虎鱼种类有2000多种,它们形态一个庞大的动物生物类群,在水环境尤其是海洋生态环境中占有重要的地位。此外,鰕虎鱼类表现出显著多样的习性和形态特征,使其在进化生物学研究中具有一定的价值。本研究以中国沿海常见的鰕虎鱼类为研究对象,应用形态学、AFLP和线粒体DNA序列分析,进行了系统发育学研究,探讨了鰕虎鱼类中2亚科9属10个种之间的分类地位和亲缘关系,揭示了10种鰕虎鱼的系统发育及其演化关系。为鰕虎鱼类系统学的发展提供了新的资料和学术观点。此外还比较研究了经济价值较高的斑尾复鰕虎鱼不同地理群体之间的形态差异。1.运用形态学方法,研究10种鰕虎鱼类形态差异,并利用典型的形态学性状构建种间的系统关系树。在构建的拓扑结构中,鳗鰕虎鱼亚科与鰕虎鱼亚科之间没有交叉,形态独立的两支。在鰕虎鱼亚科组成的一支中,矛尾鰕虎鱼属的两个种的亲缘关系最近,并与斑尾复鰕虎鱼及黄鳍刺鰕虎鱼组成一个类群,纹缟鰕虎鱼处于系统树基部的位置;在鳗鰕虎鱼亚科构成的一支中,红狼牙鰕虎鱼与小头栉孔鰕虎鱼形态相近,而与孔鰕虎鱼的距离较远。2.斑尾复鰕虎鱼是我国沿海最常见的鰕虎鱼类,体型较大,产量较高且有一定的经济价值,本文对其7个地理群体的形态差异进行了比较研究。7个群体的斑尾复鰕虎鱼在形态上已经有一定程度的分化,且主要集中在上鳃耙、头长/体长、体高/体长、尾柄长/尾柄高等形态性状上。另外,东营和赣榆的距离较近,构成第一组,其他5个群体构成另外一组,根据Mayr等提出的75%规则,认为两组群体已达到亚种水平,而两组群体内的形态差异为种内不同群体间的差异。3.采用AFLP标记技术对10种鰕虎鱼进行了系统发育研究,5对引物组合对鰕虎鱼45个个体的DNA扩增共得到220个位点,每对引物的多态位点比例均为100%。系统树的结果显示10种鰕虎鱼类可明显分为两支,鰕虎鱼亚科和鳗鰕虎鱼亚科。鰕虎鱼亚科一组中,矛尾鰕虎鱼与六丝矛尾鰕虎鱼首先聚类,后与黄鳍刺鰕虎鱼和斑尾复鰕虎鱼聚类;长丝鰕虎鱼、纹缟鰕虎鱼及横带高鳍鰕虎鱼聚成另外一支。鳗鰕虎鱼亚科一组中,孔鰕虎鱼与小头栉孔鰕虎鱼首先聚类在一起,亲缘关系较近。4.测定了10种鰕虎鱼类的线粒体DNA三个基因片段,16S rRNA、COI及Cyt b。在碱基的平均含量方面,A+T明显高于C+G,转换数大于颠换数,约为颠换数的1.4倍。两个编码基因的密码子第3位点的替换频率显著高于前两个位点。利用3个基因片段构建分子系统树基本一致,鰕虎鱼亚科构成一支,鳗鰕虎鱼亚科构成另一支。在鰕虎鱼亚科构建的一支中,3个片段均显示出矛尾鰕虎鱼、六丝矛尾鰕虎鱼、斑尾复鰕虎鱼、黄鳍刺鰕虎鱼4个种聚在一起,且有较高的自检举值。鳗鰕虎鱼亚科中孔鰕虎鱼与小头栉孔鰕虎鱼关系较近。但长丝鰕虎鱼、横带高鳍鰕虎鱼与纹缟鰕虎鱼三种间关系在本研究中没有得到很好的解决。5.系统发育树的聚类结果和遗传距离均显示近盲鰕虎鱼亚科与鰕虎鱼亚科的差异达到科级水平,而矛尾鰕虎鱼与六丝矛尾鰕虎鱼的差异未达到属间水平。