本文主要从比较优势的角度研究了两岸农产品贸易问题。首先从台湾农业的发展与现状、两岸农产品贸易关系、大陆与台湾农产品比较优势的测算与比较，及两岸农业交流与合作等四个方面对国内外已有研究进行综述，针对已有研究的不足展开进一步研究；在整理大量两岸农产品贸易数据的基础上，分析两岸农产品的总量及结构特征；运用恒定市场份额模型，从总量和动态两个层面分析大陆对台湾农产品出口的变化规律；运用贸易竞争力指数和显示性比较优势指数，测算与比较大陆和台湾农产品的比较优势，旨在明确大陆与台湾的优势产品及决定大陆和台湾农产品比较优势现状的因素；由于台湾HS四位目数据较难获得以及所需贸易数据统计口径不统一等问题，使得比较大陆和台湾重点农产品的比较优势有很大的难度；从台湾农产品的进口贸易政策、台湾农产品的居民需求特征、影响大陆对台湾出口的贸易争端等层面分析影响大陆对台湾农产品出口的因素，并提出解决策略，为两岸形成秩序、稳定的农产品贸易提供思路。 　　研究结果表明，同台湾相比，大陆农产品具有优势。目前，大陆出口台湾的主要产品为劳动力密集型的蔬菜、水果、畜产品、水产品等以食用为主的农产品。虽然大陆农产品出口台湾逐年增加，且两岸农产品贸易潜力巨大，但两岸农产品贸易尚未实现正常化，大陆产品比较优势的发挥仍然受到台湾农产品进口政策的限制。此外，贸易争端也可能影响大陆产品出口台湾，避免争端的措施包括：形成两岸有秩序的农产品贸易，在动植物检疫上两岸进行合作及发展支持两岸贸易的“利益集团”。