自2000年开始,部分中央部门从改革预算编制方法入手开始试编部门预算,随后,全国各省、各级财政部门也相继试推行这项改革,部门预算管理改革自此在全国拉开了序幕。审计部门是这项改革的推动者,自始至终关注改革的进程,把部门预算执行审计作为每年的工作重点,不断跟踪监督和推动这项改革向前发展。到目前,逾十年的审计实践积累了宝贵经验,也取得了推动部门预算管理更加规范的显著成效。从预算执行审计和预算管理改革的关系看,前者是手段,后者是目标,手段需要改进,目标更需要提高。本文依托委托代理理论、国家治理理论和公共财政理论,采用比较分析法、历史分析法、经验总结法和案例分析法,结合工作实践对部门预算管理、预算执行审计进行了深入分析,探究了二者产生、发展和相互依存的内在关系。研究目的是期望在审视部门预算管理改革效果的基础上,通过重新总结和反思预算执行审计实践中存在的不足,在深入分析存在问题的原因基础上,有针对性地提出深化部门预算执行审计的对策和建议,以便更好地促进部门预算管理改革继续向前发展。全文共分五个部分。第一部分,绪论。介绍选题背景及意义,国内外对财政监督研究情况,国内对部门预算执行监督研究的现状。第二部分,基本概念与理论分析,简要介绍了部门预算、部门预算执行审计、绩效审计等概念,详细介绍了委托代理理论、国家治理理论和公共财政理论以及上述理论与预算执行审计的关系。第三部分,部门预算执行审计中存在的问题及原因分析。指出了审计职能发挥不到位、目标不合理、范围不够宽、审计处理不到位、审计技术和方法手段落后、绩效审计开展缓慢等目前部门预算执行审计中存在的现实问题,同时从财政和审计管理体制不科学、法律法规不健全不完善、监督环境不匹配、客观环境制约等方面进行了深入分析。第四部分,深化部门预算执行审计的对策。在深入分析原因的基础上,有针对性地提出了完善审计目标和范围、深化审计体制改革、提高审计工作效率、推进绩效审计和全面推行审计公告制度的建议。第五部分,部门预算执行审计案例分析。以山东省2011年度预算执行审计工作为例进行了研究分析,指出部门预算执行审计工作存在的问题并提出了改进建议。