目的阐明新亚型胎儿弯曲菌——“胎儿弯曲菌龟亚种(Campylobacter.fetus subp.testudinum)”的系统发育地位,分析胎儿弯曲菌流行病学及基因组学特征,建立快速质谱检测的数据库并评价其质量。方法根据课题组前期收集的实验菌株和相关标准菌株:(1)进行多相分类学鉴定与分型,同时利用生物信息学手段初步解析其基因组特征及差异耐药及毒力基因;(2)以全基因组重测序及平均核苷酸一致率分析(average nucleotide identity,ANI)为参考标准,建立“胎儿弯曲菌龟亚种”参考质谱数据库,验证其重复性及准确性,并评估其临床应用价值。结果(1)“胎儿弯曲菌龟亚种”镜下、菌落形态及生化反应与胎儿弯曲菌胎儿亚种(Campylobacter.fetus subsp.fetus)接近,但与胎儿弯曲菌性病亚种(Campylobacter.fetus subsp.venerealis)有差异:前二者1%的甘氨酸生长试验阳性,后者阴性;(2)16SrRNA、RPOB基因测序及系统进化分析显示“胎儿弯曲菌龟亚种”与胎儿弯曲菌胎儿亚种、胎儿弯曲菌性病亚种亲缘关系接近,但三个亚种处于同一个种的“灰区”,尚不能确定同种归属;(3)基于全基因组重测序的平均核苷酸一致率(Average Nucleotide Identity,ANI)及氨基酸平均鉴定度(Average Amino Acid Identity,AAI)(以ANI、AAI相似度>95%,核心同源基因POGs-OrthoANI≥96%为同一个种的判断标准)都显示,“胎儿弯曲菌龟亚种”与胎儿弯曲菌胎儿亚种、胎儿弯曲菌性病亚种不属于同一个种(ANI,AAI均<95%);质谱的分型结果也显示三个亚种不属于同一个种(参考SARAMS Premium聚类分析相似度<65%不属于同一个种);基因组特征分析预测了胎儿弯曲菌复合群种之间的差异CDs(编码蛋白的基因),并初步预测其功能及作用;(4)OrthoANI分析得出:自建库菌株与标准菌株C.fetus subsp.testudinum 03-427T OrthoANI 值为:99.30%~99.96%,而其与C.fetus subsp.venerealis NCTC10354、C.fetus subsp.fetus 82-40T 的 OrthoANI 值在91.05%~92.26%。参考OrthoANI≥96%作为同一菌种的判定依据,故将自建库菌株最终鉴定为“胎儿弯曲菌龟亚种”。新建的超级参考图谱库鉴定准确率100%(与基因组测序结果一致),置信度区间为:82.3%~99.9%,同一菌株鉴定重复性100%。结论新亚型胎儿弯曲菌的重新分类具有重要的流行病学意义,推测其是我国弯曲菌造成血流感染的主要菌型;其基因组特征的分析及预测为今后进行毒力及系统进化研究提供了良好的基础;质谱数据库的建立与评价填补了微生物质谱领域的空白,同时为其临床感染的快速诊断提供了新的平台。