1、本研究采用rep-PCR分子指纹技术对重庆地区的稻瘟病菌进行了DNA指纹分析。结果显示所有供试菌株分别扩增到2-15条DNA带，大小在564bp—23kb之间。经算术平均数非加权成组配对法(UPGMA)聚类分析，在0.80遗传相似水平下，供试菌株划分为9个遗传谱系，其中L3、L6、L9为优势谱系。病菌的遗传谱系与寄主品种和采集地间存在较为密切的关系。谱系L3、L6、L9分别为品种汕优63、糯谷、冈优22的优势谱系，且分别为石柱、万州、忠县稻区的优势谱系。这为重庆地区稻瘟病的抗病育种、品种合理布局提供了科学依据。 2、本研究通过鉴别寄主对菌株的抗感反应鉴定生理小种的传统方法，测定了分布于各个遗传谱系中的40个稻瘟病菌菌株的生理小种类型。40个菌株共分为5群，15个小种，其中ZA、ZB群占优势，ZA1、ZA3、ZB1为优势小种。结果还发现菌株遗传谱系与生理小种间并不存在确定的一一对应关系。同一遗传谱系可由多个不同的生理小种组成，而同一生理小种亦可分属于几个不同的谱系。 3、本研究还对来自相同或不同谱系的10个稻瘟病菌菌株进行了致病性测定，结果发现菌株致病性与其遗传谱系、生理小种、寄主及采集地均存在密切的关系：来自同一谱系和寄主，小种类型相近的菌株，其致病性相似率最高；分离自不同寄主，但属于同一谱系和采集地点，小种类型又相近的菌株，其致病性相似率也较高；来自不同谱系和寄主的菌株，其致病性差异较大。这将有利于保证选择用于抗病品种选育的代表菌株能真正代表田间的群体组成特征，有利于更好地对新品种及抗源的抗性进行评价，更好地指导抗瘟育种。