药品管理制度在医疗卫生制度中处于举足轻重的地位，但是由于历史和现实的原因，我国的药品管理制度改革相对滞后，成为影响我国医疗卫生事业健康发展的重要因素之一。本文通过浅析我国药品管理制度的弊端、以及相关改革引发的新问题，从政府、市场和医患等三个层面，归纳上述问题的症结主要在于:1、医药合业下的市场机制扭曲;2、政府财政投入不足导致以药养医，造成畸形补偿;3、特殊的价格形成机理造成药品利润分配流向不合理。为了解决目前存在的这些问题，必须进一步深化我国药品管理制度改革。本文参考国外先进的经验并结合我国国情，从外围制度改革和制度内改革两方面提出深化我国药品管理制度改革的相应对策，外围制度改革的对策包括:1、继续坚持医药分业的改革方向;2、调整医院补偿机制和转换运转机制;3.改革公费医疗体制，构筑多主体、多形式、多层次的医疗保险体系。制度内改革对策包括:1、建立独立的药品管理机构，统筹药品管理各项工作;2、构筑药品管理各方公平协商和互动的平台;3、科学划分政府管理药品价格的范围;4、调整药品生产经营机构;5、规范药品流通秩序和经营行为;6、改革药品定价机构。