中东呼吸综合征冠状病毒(Middle East respiratory syndrome coronavirus ， MERS-CoV)是中东呼吸系统综合征病原，2012年起源于中东。MERS-CoV是一种典型的动物源性病毒，直接动物来源是骆驼。冠状病毒作为已知基因组最大的RNA病毒，其变异频率高，前期研究结果显示不同物种、时期、地点分离的MERS-CoV基因组序列存在差异；推测MERS-CoV在骆驼向人及人与人之间传播时，存在正向选择的重要变异位点。而对突变位点的功能研究显示，2015年韩国流行的毒株，其S蛋白的变异赋予其抵抗中和抗体的能力，引起毒力的增强，提示突变位点可能影响病毒基因功能，导致病毒致病性的改变。宿主先天免疫系统是病毒基因受到选择压力的主要因素之一，且MERS-CoV的ORF4a、ORF4b、ORF8b、N等基因都具有调节宿主先天免疫的功能。因此，本研究的目的是筛选MERS-CoV基因组中的显著正向选择突变位点，并探究突变位点是否影响宿主先天免疫。
　　我们使用PAML软件筛选到MERS-CoV基因组中的多个显著正向选择突变位点，选择突变频率高的ORF3基因86号氨基酸位点的突变，即脯氨酸(proline， P)到苯丙氨酸(Phenylalanine，F)和亮氨酸(Leucine，L)的突变；以及M基因69号氨基酸位点的突变，即缬氨酸(Valine，V)到苯丙氨酸(F)和异亮氨酸(Isoleucine，I)的突变，研究其单氨基酸突变对ORF3和M蛋白调控宿主天然免疫的影响。根据MERS-CoV基因组序列(Genbank：JX869059.2)，构建了ORF3、M全长基因及上述单氨基酸突变的真核表达载体。在293T细胞模型上，利用定量PCR研究突变位点对ORF3、M蛋白调控宿主天然免疫的影响。
　　实验结果表明，与野生型M蛋白相比，V69F、V69I突变蛋白显著抑制SeV诱导的I型干扰素IFN-β及下游ISGs的表达水平；与野生型ORF3蛋白相比，P86F、P86L突变蛋白对抑制SeV诱导的I型干扰素IFN-β的表达水平无显著差异。
　　本研究初步揭示了MERS-CoV在流行和传播过程中的正向选择位点；并初步证明MERS-CoV的M蛋白69号位点单氨基酸突变显著增强M蛋白拮抗宿主I型干扰素IFN-β信号通路的能力；同时初步证明ORF3的86号位点单氨基酸突变对ORF3蛋白拮抗宿主I型干扰素IFN-β信号通路无显著影响。研究结果有助于揭示MERS-CoV传播和演化规律，对此病毒防控有积极意义，也可为新型冠状病毒研究提供新思路。