微卫星(Microsatellites，也称SimpleSequenceRepeats，SSRs)一般为1-6个核苷酸串联重复多次的核酸序列，在真核生物、原核生物、病毒中都广泛分布。它具有长度多态性、非随机分布和基序多样性的特征。微卫星高度易变，个体间差异很大，这些突变可能与基因组结构和功能相关。因此，微卫星的出现和固定可能促进了基因组的多样性和进化。在埃博拉病毒基因组中，编码区和非编码区都有微卫星的广泛分布。以往对微卫星的分析一般是在病毒基因组中的比例、相对丰度、相对密度、GC含量等，对微卫星与病毒基因组功能和结构的关系知之甚少。
　　本研究主要有如下两个方面：
　　1.埃博拉病毒基因组中末端非编码区保守微卫星的分析(第二章)
　　在本章内容中，我们从公共数据库NCBI中下载了219条埃博拉病毒基因组序列，选择了数据库中末端测序较为完整的所有基因组，对其综合分析了全基因组和末端区域中的微卫星。并利用ClustalW软件进行序列比对以检测不同序列之间的相似度，结果表明同一物种中的埃博拉病毒完整基因组的序列差异较小，而在种间的序列差异较大，尤其在末端非编码区序列中这种现象更加明显。然后利用IMEx软件从219个样本中提取微卫星，在完整基因组中发现了5个在不同物种间保守的微卫星位点，其中有4个保守微卫星位点位于末端非编码区序列上。因此进一步对末端非编码区序列进行探究，通过分析得到末端非编码区序列有较低的种间序列相似度和较高的微卫星的保守性。进一步利用RNA二级结构预测方法进行预测，发现5个种的埃博拉病毒末端非编码区序列均形成了类似的茎环结构，并且这4个保守微卫星两两配对形成了茎环结构中的茎干结构。因此我们推测埃博拉基因组中的保守微卫星可能有助于形成保守的茎环结构。这些结果表明，保守的微卫星可能是进化选择的，从而在埃博拉基因组的5，3末端形成保守的二级结构。
　　2.埃博拉病毒基因组中GP基因编码区保守微卫星的分析(第三章)
　　在本章中，我们针对第二章中发现的保守微卫星位点进行了进一步的探究。5个物种的埃博拉病毒基因组中仅有的5个保守位点中，除了已经分析的末端非编码区位点以外，还有一个位于GP基因的编码区中的重要位点未被进行分析。通过对219个样本中的GPCDs序列进行比对以及微卫星统计，发现GPCDs的序列差异大而微卫星保守性高。将保守微卫星位点对应的氨基酸序列进行查询，发现保守微卫星与GP基因编码产生的三种不同蛋白质(GP1,2、sGP、ssGP)的氨基酸序列有关。利用UniProtKB数据库查询有关的功能位点，发现保守微卫星与保守的N-糖基化位点和转录过程中的RNA编辑有关。其中，RNA编辑功能作用在保守微卫星位点处，通过删除或添加A，从而产生不同的密码子翻译出埃博拉病毒维持正常生命所必须的结构蛋白和两种分泌蛋白。此外，保守微卫星发生了微卫星扩增现象，导致RNA编辑产生了不同的编码作用，使其产生的RNA翻译出正确的蛋白质。这些结果也许意味着，保守微卫星受功能选择才得以保存下来，并在埃博拉病毒基因组中有着不可或缺的作用。