自重庆市划分为直辖市之后,其工业农业等各个行业都在快速发展,尤其是农业。在农民专业合作社如雨后春笋在全国各地设立的今天,专家学者们也将目光转向专业合作社的发展问题。针对专业合作社的立法、融资创新、制度建设分配制度的完善等方面都有深入的研究。在前人对专业合作社研究的基础上,本文主要从资金链风险角度着手,创新了农民专业合作社的研究视角,同时将农民专业合作社作为一种特殊的“企业”进行研究,以求得到农民专业合作社与一般企业的不同以及其资金链风险点的不同,从这些不同之处深入研究农民专业合作社的资金链风险。本文以重庆市南川区农民专业合作社为研究对象,通过文献研究,分析得到农民专业合作社资金链风险影响因素,构建指标体系,运用专家独立打分和层次分析法相结合,得到专业合作社资金链风险的重要影响因素和次要影响因素以及不重要的影响因素。通过对320家农民专业合作社的问卷调查得到南川区农民专业合作社资金链影响重要因素和次要因素的具体情况,并针对重庆市南川区农民专业合作社资金链风险方面存在的问题提出相关建议和对策。研究结果表明,管理者经验、财务制度建设、决策制度和资产变现能力四个影响因素对专业合作社资金链风险影响程度最大,影响程度均高于0.1；专业合作社资金链影响的次要因素包括盈利能力和市场前景,这两个因素的影响程度高于0.05低于0.1；对农民专业合作社资金链风险影响的不重要因素包括资本稳定性、资本规模、融资知识和信息、政府资金支持和负债规模,这五个影响因素的影响程度都低于0.05。专业合作社和政府相关部门应从重要影响因素组和次要影响因素组对农民专业合作社的各方面进行改善,进而减小农民专业合作社的资金链风险,促进农民专业合作社有序运行,从而达到农民增收,农产品促销和农村发展的目的。最后提出对策建议：南川区农民专业合作社应该重点在管理者经验、财务制度建设、决策制度和资产变现能力方面加强抵御资金链风险的能力。提升管理者专业素养,培养更多的高文化程度的管理者；建立健全财务制度,特别是内部审计制度,可以减少由于制度不健全而造成的内部运作不规范,从而减小资金链断裂风险；针对有明确的决策制度的农民专业合作社应严格按照决策制度进行决策,对灵活性较强的应尽量减小决策的随意性,增强科学性；对于存在积压存货的专业合作社要拓宽销售渠道,扩大市场份额,将积压库存减小到最小；对与专业合作社普遍盈利能力不强的情况,在专业合作社加强自身竞争能力,提高产品质量的前提下,政府及相关部门应从资金、技术、政策支持等方面予以帮助。