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红豆越橘(Vaccinium vitis-idaea L.)为杜鹃花科(Ericaceae)越橘属(Vaccinium)植物,具有广阔的发展前景。迄今为止,尚未发现关于红豆越橘内参基因筛选方面的详细研究。因此开展红豆越橘内参基因在不同试验条件下表达情况的研究,筛选出特定条件下稳定表达的内参基因,将为红豆越橘基因表达分析方面的研究提供参考,从而为揭示红豆越橘的生物学特性和对其抗性基因和遗传改良方面的研究奠定基础。
本研究中,参考植物中的传统内参基因,并结合红豆越橘果实转录组数据,从中选择了肌动蛋白(ACTIN),微管蛋白(TUB),结合蛋白(TBP),亲环蛋白(CYP),凝乳蛋白(CHY),3-磷酸甘油醛脱氢酶(GAPDH),18S核糖体RNA(18S rRNA),延长因子1α(EF-1α),延长因子2α(EF-2α)和翻译因子(EIF)共十个候选基因家族21个候选内参基因分别进行实时荧光定量PCR(qRT-PCR),同时利用三种统计学软件(geNorm,NormFinder和Bestkeeper)进行数据分析,评估了各候选内参基因分别在不同品种的红豆越橘以及同一品种红豆越橘的不同器官和经过两种不同的非生物胁迫(碱胁迫和干旱胁迫)处理的表达稳定性。得到的主要结果为:
1.在不同品种的红豆越橘中,ACTINUnigene23839是作为单个内参基因的最佳选择,ACTINUnigene23839+TUBCL1466.Contig3是最佳的内参基因组合。
2.在红豆越橘的不同器官中,ACTINCL5740.Contig2和ACTINUnigene12465都可以作为单个内参基因的最佳选择,ACTINCL5740.Contig2+ACTINUnigene23839是最佳的内参基因组合。
3.在红豆越橘遭受非生物胁迫时:在碱胁迫处理的红豆越橘中,ACTINCL5740.Contig1是作为单个内参基因的最佳选择,ACTINCL2172.Contig3+ACTINUnigene12465+ACTINCL2172.Contig2是最佳的内参基因组合;在PEG模拟干旱胁迫处理的红豆越橘中,ACTINCL2172.Contig2和TUBCL1466.Contig7都可以作为单个内参基因的最佳选择,ACTINUnigene23839+TUBCL1466.Contig3是最佳的内参基因组合。
综上所述,建议针对不同的试验条件选择合适的内参基因或内参基因组合进行数据标准化,以期获得更准确的基因表达分析的结果。
本研究中,参考植物中的传统内参基因,并结合红豆越橘果实转录组数据,从中选择了肌动蛋白(ACTIN),微管蛋白(TUB),结合蛋白(TBP),亲环蛋白(CYP),凝乳蛋白(CHY),3-磷酸甘油醛脱氢酶(GAPDH),18S核糖体RNA(18S rRNA),延长因子1α(EF-1α),延长因子2α(EF-2α)和翻译因子(EIF)共十个候选基因家族21个候选内参基因分别进行实时荧光定量PCR(qRT-PCR),同时利用三种统计学软件(geNorm,NormFinder和Bestkeeper)进行数据分析,评估了各候选内参基因分别在不同品种的红豆越橘以及同一品种红豆越橘的不同器官和经过两种不同的非生物胁迫(碱胁迫和干旱胁迫)处理的表达稳定性。得到的主要结果为:
1.在不同品种的红豆越橘中,ACTINUnigene23839是作为单个内参基因的最佳选择,ACTINUnigene23839+TUBCL1466.Contig3是最佳的内参基因组合。
2.在红豆越橘的不同器官中,ACTINCL5740.Contig2和ACTINUnigene12465都可以作为单个内参基因的最佳选择,ACTINCL5740.Contig2+ACTINUnigene23839是最佳的内参基因组合。
3.在红豆越橘遭受非生物胁迫时:在碱胁迫处理的红豆越橘中,ACTINCL5740.Contig1是作为单个内参基因的最佳选择,ACTINCL2172.Contig3+ACTINUnigene12465+ACTINCL2172.Contig2是最佳的内参基因组合;在PEG模拟干旱胁迫处理的红豆越橘中,ACTINCL2172.Contig2和TUBCL1466.Contig7都可以作为单个内参基因的最佳选择,ACTINUnigene23839+TUBCL1466.Contig3是最佳的内参基因组合。
综上所述,建议针对不同的试验条件选择合适的内参基因或内参基因组合进行数据标准化,以期获得更准确的基因表达分析的结果。