鸡的性成熟标志着繁殖活动的开始,是重要的经济性状。研究和培育早熟型个体是优质肉鸡育种的重要方向。生产中公鸡的性早熟主要通过鸡冠来判别,鸡冠作为重要的第二性征,其发育程度与性腺发育紧密关联,但尚缺乏公鸡性早熟的相关性状及分子调控水平的研究。本研究对42～140日龄具有极端冠高性状的清远麻鸡群体（高冠组和矮冠组）的体重和鸡冠表型数据进行系统采集,分别在56、79、112、126和140日龄五个阶段屠宰极端冠高个体,对比分析其屠体性能差异,进行高冠和矮冠公鸡体重和鸡冠高度的拟合分析,以及56和79日龄主成分分析;收集79日龄极端个体的鸡冠和睾丸组织,通过组织解剖学观察,研究鸡冠和睾丸的组织形态学差异;并运用RNA-seq技术挖掘极端冠高性状个体在56日龄的基因组表达差异,在时空表达上探究相关候选基因和调控因子的作用机制,解析公鸡性早熟的遗传调控机制。结果表明:1、高冠组公鸡和矮冠组公鸡在鸡冠和体重发育方面具有相似的规律,但高冠组公鸡的鸡冠和体重生长拐点均早于矮冠组公鸡。两组公鸡体重拐点时间在第56～63日龄之间,鸡冠高度的拐点在56～77日龄之间,高冠组鸡冠的拐点时间在体重拐点前,矮冠组鸡冠的拐点在体重拐点后。2、在育成期阶段,高冠公鸡和矮冠公鸡的鸡冠、睾丸发育均具有显著差异（0.01﹤P﹤0.05）。140日龄公鸡完全性成熟时,公鸡高冠和矮冠鸡冠高度差异显著（0.01﹤P﹤0.05）,但睾丸指标差异已不显著（P﹥0.05）。鸡冠和睾丸的生长发育在56、79、112和126日龄时均显著相关（0.01﹤P﹤0.05）,但相关程度随着日龄增加而降低,至140日龄鸡冠与睾丸的表型指标相关性已不再显著（P﹥0.05）。3、前期两个阶段的主成分分析发现,56和79日龄两个阶段第一主成分以鸡冠指标和睾丸指标为主,均能较好的反映公鸡性腺发育情况,有望作为优质鸡生产中的性早熟选育评价指数。4、对79日龄清远麻公鸡的鸡冠和睾丸进行形态学以及组织解剖学观察发现,高冠公鸡鸡冠发育比矮冠公鸡好,主要体现在毛细血管数量变化以及纤维细胞数量变化上。高冠公鸡睾丸发育情况优于矮冠公鸡,主要表现在睾丸质量、睾丸曲精细管的大小以及精原细胞排列的层数方面。5、高冠和矮冠公鸡鸡冠、睾丸组织在56日龄的RNA-seq分析发现,鸡冠和睾丸中分别有258和2030个差异基因,这些差异基因在两种组织中主要参与胞外间隙、胞外区部分、胞外区等生物学功能。同时,多个脂代谢相关通路参与鸡冠和睾丸的发育过程,包括Apelin信号通路、视黄醇代谢、ECM受体相互作用和PPAR信号等通路。综合分析结果显示,乙醛脱氢酶1家族成员A1（ALDH1A1）等基因可能是影响鸡冠和睾丸发育过程的关键基因。本研究为进一步科学解释公鸡性早熟过程中鸡冠和睾丸发育的联系和差异提供了分子依据。