我国高新技术产业有力地拉动了我国经济的发展，但不少高新技术产品是以模仿为主，缺乏真正的创新，很难在国际市场上具备竞争优势，也难以抵御国际市场的风险。在这个过程中，必须引起全社会充分关注和高度重视的问题，是如何推动高新技术产业快速持续发展。通过理论分析和对历史文献的研究，发现研发投入存在滞后效应的客观规律，本文运用相关系数法，确定了各高新技术产业的投入产出滞后期限。分析了技术转移要素对技术创新绩效的影响，并对其进行量化。再运用数据包络分析（DEA）理论中的C2R模型和对抗型交叉评价模型分别对我国高新技术产业的技术创新效率进行了测度，两种模型相互对比、补充，从而揭示我国高新技术产业的技术创新效率的发展状况，以及各行业的技术创新效率差异。结果表明，高新技术产业研发投入的滞后效应客观存在，且不同行业滞后期限大为不同；我国高新技术产业技术创新效率稳步上升，整体递增趋势明显；各高新技术产业发展参差不齐，技术创新效率差异较大；信息产业技术创新效率水平名列前茅，但增速缓慢；航天器制造业效率评价结果反差极大，凸显要素分配不合理问题。