基于m~6A甲基化调控自噬流探究益肾清利活血方改善肾脏衰老和纤维化分子机制的研究

来源 :南京中医药大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:ghosty
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研究背景:细胞衰老是一种周期停滞、表型改变和炎症因子分泌活跃的状态,能够促进多种衰老相关疾病的发生和发展。肾小管上皮细胞衰老是促进肾脏纤维化(Renal fibrosis,RF)进展的重要因素,然而其分子调控机制尚不清楚。自噬流损伤阻滞自噬小体降解,加速细胞衰老。转录因子EB(Transcription factor EB,TFEB)是调控自噬流的关键基因,在“自噬小体-溶酶体”途径的上游发挥核心作用。6-甲基腺嘌呤(N6-methyladenosine,m6A)甲基化广泛存在于各种生物学过程,最新研究表明,m6A对衰老相关疾病具有多种生物学调控作用,然而,其分子调控机制尚不清楚,也缺乏中、西药物的干预措施。孙伟教授基于“护肾延衰”理念,将肾脏衰老的病机高度概括为“肾虚湿瘀”,创立“益肾清利活血”法并应用其方药(“益肾清利活血方”)改善肾脏衰老和RF。但是,迄今为止,益肾清利活血方改善肾脏衰老和RF的相关分子机制仍不清楚。研究目的:1.阐明益肾清利活血方改善肾脏衰老和RF的作用;2.揭示益肾清利活血方通过m6A甲基化对自噬流的调控延缓肾脏衰老和RF的分子机制。研究方法:1.网络药理学研究:首先利用中药系统药理学数据库及分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)数据库和文献检索收集益肾清利活血方成分及靶点,使用Cytoscape软件构建单味药的有效成分-靶点网络,构建益肾清利活血方的药物-成分-靶点网络;其次,在GeneCards数据库中收集RF(或CKD)相关分子靶点,利用仙桃生信分析网站筛选中药方剂与疾病的共同靶点,分析方剂与疾病共同靶点的GO/KEGG通路富集,构建蛋白互作网络并筛选关键靶点;最后,利用蛋白质结构数据库(Protein Data Bank,PDB)网站对重要活性成分和关键靶点进行分子对接验证。2.实验研究:在体研究中,采用“单侧肾切除+D-gal腹腔注射”建立肾脏衰老和RF模型,将30只大鼠随机分为4组,具体分组及干预措施如下:假手术组6只,每日给予生理盐水6ml/kg腹腔灌胃;模型组12只,每日给予D-gal 300mg/kg腹腔注射;益肾清利活血方组6只,每日给予益肾清利活血方颗粒剂混悬液2.745g/kg腹腔灌胃并联合D-gal 300mg/kg腹腔注射;维生素E(Vitamin E,VE)组6只,每日给予30mg/kg腹腔灌胃并联合D-gal 300mg/kg腹腔注射。在造模前和给药干预后,定期观察大鼠一般情况、肾功能和体重变化;此外,采用天狼星红染色观察大鼠肾脏胶原沉积水平;采用免疫组织化学或免疫荧光染色技术观察抗衰老蛋白Klotho、自噬相关蛋白微管相关蛋白1轻链3(microtubule-associated protein 1 light chain 3,LC3)、自噬蛋白 Beclin1 和自噬接头蛋白(Sequestosome-1,SQSTM1)和甲基转移酶样蛋白 3(Methyltransferase-like 3,METTL3)在肾脏中的分布和丰度,衰老相关β-半乳糖苷酶(Senescence-associated β-galactosidase,SA-β-gal)染色分析衰老细胞数量,采用Western Blot(WB)检测大鼠肾脏Klotho,衰老周期蛋白 P27 和 P16,衰老相关分泌表型(Senescence-Associated Secretory Phenotype,SASP)炎性因子白细胞介素 6(Interleukin-6,IL-6)、肿瘤坏死因子(Tumor necrosis factor-α,TNF-α)和转化生长因子-β(Transforming growth factor-β,TGTF-β),RF 标志物胶原-Ⅰ(Collagen-Ⅰ,Col-Ⅰ)和α-平滑肌肌动蛋白(α-Smoothmuscle actin,α-SMA),甲基化转移酶 METTL14和 Wilm 肿瘤 1-相关蛋白(Wilms Tumor 1-Associated Protein,WTAP)的蛋白表达水平,采用qRT-PCR和WB观察TFEB、METTL3表达水平,采用透射电镜观察细胞内自噬小体数量,EpiQuikTM m6ARNA甲基化定量试剂盒检测大鼠肾组织内m6A总体水平;离体研究中,使用D-gal构建NRK-52E细胞衰老和RF模型,具体分组及干预措施如下:对照血清组(10%空白血清组)、模型组(D-gal 200mM)、益肾清利活血方含药血清低剂量组(D-gal 200mM+5%益肾清利活血方含药血清)、益肾清利活血方含药血清中剂量组(D-gal 200mM+10%益肾清利活血方含药血清)、VE 组(D-gal 200mM+VE 50μg/mL)。CCK-8检测D-gal、益肾清利活血方含药血清、VE对NRK-52E细胞活性的影响,SA-β-gal染色观察NRK-52E细胞衰老改变,WB实验检测NRK-52E细胞Klotho、P27、P16、IL-6、TNF-α、TGF-β、Col-Ⅰ、α-SMA、METTL14、WTAP 蛋白表达水平,qRT-PCR 和 WB 实验观察TFEB、METTL3表达水平,构建Klotho沉默细胞株、TFEB过表达细胞株、METTL3沉默细胞株,利用qRT-PCR和WB实验检测细胞构建结果;EpiQuikTM m6ARNA甲基化定量试剂盒检测细胞内m6A总体水平,m6AMeRIP试剂盒检测TFEB与m6A结合水平。结果:1.网络药理学:益肾清利活血方治疗RF是多成分、多靶点的网状调控机制。对方剂和疾病的共同靶点进行通路富集分析发现,多条细胞氧化应激相关通路、炎症和炎症因子相关通路和衰老或细胞衰老相关通路被富集到,该结果与RF的疾病特征高度一致。KEGG分析富集到的细胞衰老、磷酸肌醇-3激酶(Phosphatidylinositol-3 kinase,PI3K)蛋白激酶B(Protein kinase B,AKT)、丝裂原活化蛋白激酶(Mitogen-activated protein kinase,MAPK)等信号通路均在RF中发挥重要作用。分子对接结果提示,益肾清利活血方的有效成分槲皮素、山奈酚和黄芩素与其靶基因TP53、AKT1可以有效结合。2.实验研究:在体研究:1)对于“单侧肾切除+D-gal腹腔注射”诱导的大鼠肾脏衰老和RF模型,益肾清利活血方和VE能够维持基础体重,降低BUN水平,减少肾组织中蓝色阳性衰老细胞数量,上调肾组织中Klotho蛋白表达,下调P27、P16、IL-6、TNF-α、TGF-β、Col-Ⅰ、α-SMA蛋白表达,抑制肾小管周围胶原沉积;2)益肾清利活血方能够修复“单侧肾切除+D-gal腹腔注射”诱导的大鼠肾组织自噬流损伤,使LC3 Ⅱ、Beclin1、磷酸化SQSTM1蛋白表达恢复到基础水平;3)益肾清利活血方通过抑制METTL3活性,减少TFEB mRNA上m6A甲基化修饰水平,在转录和蛋白水平增加TFEB表达,改善自噬流水平,从而发挥延缓衰老抗RF的作用。离体研究:1)D-gal诱导NRK-52E细胞发生衰老和RF改变,以200mM干预24h最为显著;2)益肾清利活血方含药血清和VE能够上调Klotho蛋白表达,降低P27、P16、Col-Ⅰ和α-SMA蛋白表达,抑制SASP因子释放,减少SA-β-gal的阳性染色率,其中益肾清利活血方含药血清以10%浓度干预24h最为显著,VE以50μg/mL剂量干预24h最为显著;3)敲减Klotho蛋白的NRK-52E细胞中,Col-Ⅰ和TGF-β蛋白表达水平升高,经益肾清利活血方含药血清干预后并未发生明显改变;4)益肾清利活血方含药血清和VE能够修复D-gal诱导的自噬流损伤,加速LC3 Ⅱ、Beclin1、p-SQSTM1蛋白的降解;5)益肾清利活血方含药血清和VE能够消除细胞内m6A甲基化修饰,减少TFEB mRNA与m6A的结合量,恢复TFEB的mRNA转录水平和蛋白表达水平;6)益肾清利活血方含药血清抑制细胞内m6A甲基化修饰是依赖METTL3蛋白完成的,通过降低METTL3活性,抑制细胞内m6A甲基化修饰,上调TFEB的蛋白表达水平,从而发挥修复受损自噬流、延缓衰老抗RF的作用。结论:1)“单侧肾切除+D-gal腹腔注射”能够建立肾脏衰老和RF动物模型,D-gal以200 mM干预24h能够建立NRK-52E细胞衰老和RF细胞模型;2)益肾清利活血方及其含药血清在体内外具有延缓肾脏衰老抗RF的作用;3)益肾清利活血方及其含药血清在体内外具有修复受损自噬流的作用;4)益肾清利活血方及其含药血清延缓肾脏衰老抗RF的潜在分子机制是调控自噬流相关TFEB mRNA上m6A甲基化修饰水平完成的;5)益肾清利活血方含药血清抑制细胞内m6A甲基化修饰是依赖METTL3蛋白完成的。
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