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牛病毒性腹泻（Bovineviraldiarrhea，BVD）是由牛病毒性腹泻病毒（BVDV）引起的，主要侵害牛、羊、鹿、牦牛等反刍动物及猪的一种重要传染病。该病的隐性感染以持续感染和免疫耐受为特点，持久带毒、排毒，成为常在传染源，是造成BVDV广泛传播的重要因素。随着高产奶牛的大量引进，新疆奶牛BVDV感染严重，尤其是隐性感染所造成的危害不被人所知。因此，本研究从隐性感染的分子流行病学出发，分析新疆BVDV主要流行株和系统进化关系，从而对BVDV的防疫做到有的放矢，最终获得可靠的免疫效果。
本实验以RT-PCR技术为研究方法，参照多株不同基因型和基因亚型牛病毒性腹泻病毒（BVDV）5UTR相对保守的基因序列，设计3对引物，其中外侧引物F1F2能够扩增不同基因型BVDV5UTR片段（288bp），内侧引物P1P2和P3P4分别能够扩增BVDV-1型和BVDV-2型5UTR片段（195bp和116bp）。经过对PCR反应条件进行优化，建立了一种特异、敏感的巢式RT-PCR检测方法，敏感性为10-3TCID50/100μL。对猪瘟兔化弱毒疫苗株、牛轮状病毒、牛传染性鼻气管炎病毒的检测结果均为阴性。本方法即用于基因分型又可区别其它瘟病毒属成员，大大提高了灵敏性和特异性，能够快速、简便、高特异性和高灵敏度的诊断BVDV感染的奶牛。
应用已建立的巢式RT-PCR检测方法对采自新疆4个不同地区8个牛场的302份全血样品进行核酸检测及测序。结果表明：BVDV平均阳性率为43.39％。其中有101对为母子对应样品，母牛BVDV感染率为44.89％，犊牛BVDV感染率为56.19％，数据显示犊牛比母牛易感。测序得到27条序列，经核酸序列同源性比较和系统发生分析表明，26株病毒与VEDEVAC亲缘关系最近，同源性达96.2-100％，属于BVDV-1b基因亚型，只1株为BVDV-1c亚型，未检测到BVDV-2型。提示新疆BVDV流行株为BVDV-1b亚型，同时有BVDV-1c亚型共存。
应用BVDV的生物型检测方法对27个已经测序的BVDV阳性样品鉴定生物型。接种于MDBK细胞，观察其是否发生细胞病变。结果表明：所有27个BVDV分离株都表现为ncp型，表明新疆BVDV分离株主要为ncp型。有关报道表明，这种生物型是分离株中最普遍的，而且以病毒的垂直传播为特点。所分离的27株病毒中有8对为母子对应样品，提示其犊牛发病可能由垂直感染引起。通过以上研究表明，新疆BVDV主要流行株为BVDV-1b亚型，同时BVDV-1c亚型共存，且都为ncp型病毒。