白鱀豚福尔马林固定标本的DNA提取及其遗传多样性初步研究

来源 :中国科学院水生生物研究所 | 被引量 : 0次 | 上传用户:guodianwangxg
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本研究以中国科学院水生生物研究所白鱀豚馆保存的福尔马林固定白鱀豚标本为研究材料,从中提取DNA,并通过获得的DNA样品对该物种的线粒体DNA遗传多样性进行了初步研究.为今后白鱀豚的遗传保护工作的深入开展奠定了较好的基础,同时对以福尔马林固定标本为实验材料的其他相关研究工作具有一定的指导性意义.本研究从标本预处理、消化、PCR扩增等各方面综合考虑设计实验方案,成功提取了21头福尔马林固定白鱀豚标本的基因组DNA,并扩增了线粒体DNA控制区部分区段.(1)本研究采用了三种预处理方法(GTE浸泡法、酒精梯度浸泡法和临界点干燥法)尽量去除固定标本中残存的甲醛,并对其效果进行比较,其中从临界点干燥处理的标本中提取的DNA在扩增时具有明显优势.(2)通过蛋白酶K消化过程中对于酶的浓度、温浴时间的比较试验,发现随着酶浓度的大幅提高和消化时间的延长,DNA的质量和产量均得到显著的提高,于是采取长时间的高强度消化大大提高了标本DNA的释放效率.(3)通过对酚-氯仿和盐析这两种DNA提取方法效果的比较,发现它们的DNA产量无明显差异,但是盐析法具有操作简单、费用较低的优点,成为福尔马林固定标本DNA提取的较好选择.(4)针对标本DNA降解严重的特点,选择特异性好且长度合适的引物以及使用降落PCR和巢式引物扩增,均提高了标本DNA扩增的特异性和灵敏度.通过对上述操作合理的综合运用及部分操作优化改进和选择,最终形成了一套比较稳定的DNA提取和扩增操作规程.本研究仅涉及白鱀豚种群遗传学研究的一些基础环节,距离全面了解该物种的遗传背景还有相当距离.后续工作应该更多的搜集不同江段(主要是下游)的白鱀豚标本,并在现有研究基础上使用一些有效核基因分子标记(如微卫星),全面了解其遗传多样性水平、遗传结构和分布状况,从而实现科学合理的遗传保护与管理,最大程度上保存其现有的遗传多样性,为其种群恢复和繁盛奠定良好的基础.
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