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小麦孢囊线虫(CCN)对全球小麦生产造成了严重威胁。对小麦与CCN亲和互作的研究可以提高我们对CCN调控宿主发育,免疫及代谢途径的理解,并进一步有针对性地开发新的控制策略。在本研究中,我们对小麦感病品种温麦19(Triticum aestivum L.cv.Wen19)进行了转录组分析。对接种CCN后第1,3和8天(dpi)的Wen19根组织样品进行了RNA-Seq测序分析。共鉴定了71569个基因,其中10929个基因为响应CCN侵染的差异表达基因(DEGs)。基于功能注释和GO分析发现,蛋白质磷酸化,氧化还原过程,代谢过程,转运,转录调节,抗性响应以及许多其他先前报道的途径在转录水平上富集。植物细胞壁水解和修饰蛋白,生长素生物合成,信号传导和转运蛋白在线虫侵染后上调,可能与小麦孢囊线虫侵入,在根内迁移及合胞体的建立相关。响应伤害和茉莉酸刺激相关基因在1dpi上调表达基因中富集,但在3dpi和8dpi中没有富集。我们发现16个NBS-LRR差异表达基因,其中12个在3dpi下调,表明进一步的抗性反应被抑制。在CCN侵染期间,抗氧化酶,谷胱甘肽S-转移酶和UDP-葡糖基转移酶的基因表达水平显著上调,可能是小麦Wen19与CCN亲和互作的关键调节因子。总之,通过转录组方法获得的结果表明,氧化还原过程,抗性诱导和抑制,代谢,转运相关基因可能参与Wen19与CCN的互作,为小麦与CCN互作潜在的机制研究提供了新的见解。同时线虫效应因子的研究对线虫防控具有重要意义。本研究同时以小麦孢囊线虫效应因子Ha-63744为研究对象,明确了其由线虫食道腺细胞分泌,在宿主中定位于细胞核,在CCN 6个龄期均表达,但在发育后期表达量高。利用体外RNAi及VIGS沉默靶基因,能够显著降低其侵染率和雌虫数量,拟通过超表达研究其对宿主根发育及线虫致病性的影响,从而验证Ha-63744基因功能,揭示该效应因子在线虫侵染、发育、致病及与宿主互作过程中的功能,为控制其爆发和促进我国小麦的稳定健康生产提供新思路。