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鳄蜥(Shinisaurus crocodilurus Ahl,1930)属鳄蜥科(Shinisauridae)鳄蜥属(Shinisaurus),是第四纪冰川末期残留在我国华南地区的原始爬行动物,是我国I级保护动物,于1989年被列入CITES附录II中。由于栖息地遭到破坏和鳄蜥遭到人类猎杀,鳄蜥种群数量迅速减少,已经处于濒临灭绝的边缘。因此了解这个物种的遗传变异和地理亲缘关系,对鳄蜥的保护管理工作有着重要意义。本研究利用微卫星DNA和线粒体DNA两种分子标记技术,同时结合不同区域间的形态差异,对16个不同地理种群的遗传多样性及地理亲缘关系进行研究,结果如下:(1)广西大桂山、广东罗坑、广东茂名和越南四个分布区的鳄蜥形态存在一定程度上的差异,广西大桂山种群的头体长和头宽明显比广东罗坑、广东茂名的大(P<0.05),略大于越南鳄蜥,但不显著。广东茂名鳄蜥种群雌性个体第四趾鳞片数比罗坑的多,雄性个体则比罗坑、大桂山的多(P<0.05)。(2)微卫星检测结果显示,10个微卫星位点总共检测得到107个等位基因,16个鳄蜥种群的平均等位基因数为4.975,平均有效等位基因数3.159,平均观察杂合度为0.465,平均期望杂合度为0.624。线粒体检测结果为,98个个体得到10种单倍型,单倍型多态性为0.195246,核苷酸多态性为0.000303,单倍型多态性和核苷酸多态性都很低。基于微卫星与线粒体检测鳄蜥不同地理种群遗传多样性,结果显示鳄蜥的遗传多样性水平较低。(3)基于微卫星与线粒体探讨鳄蜥种群遗传结构和系统发育。微卫星分析显示两两种群间的遗传分化系数(Fst)范围是0.032~0.267,Fst在0.05~0.25范围内的占大部分,种群间遗传分化处于中等以上水平。Mantel检验结果显示,除桂平饲养种群外(GPY),其余15个自然种群间存在显著的距离隔离模式(r=0.67,P=0.01)地理距离与遗传距离呈现极显著的正相关性。利用微卫星分子标记的Structure聚类分析结果显示,16个种群分为广西大桂山(DCC,CSC,DSC,YSC),广东罗坑(MBC,CSK,DBT,SK),广东茂名(LZD,LHD),越南(HH,TYT,DS,YT)4个居群。基于微卫星Nei遗传距离构建16个鳄蜥种群的NJ系统发育树,结果显示16个种群分为中国与越南两大支,广西大桂山和广东罗坑先与广东茂名分为两支后再各自分支。线粒体NJ、ML、UPGMA三种系统发育树均显示,16个鳄蜥地理种群聚为中国与越南两大支系。10种单倍型的中介网络关系分为广西和广东罗坑、广东茂名和越南三支,但未出现中心单倍型。对16个种群进行AMOVA遗传变异分析,微卫星数据显示种群内变异为主要变异来源,而线粒体数据则显示绝大部分变异来源于种群间变异。(4)基于微卫星标记进行瓶颈效应检测结果显示,分为4个居群的鳄蜥种群在3种不同检测模型(I.A.M、T.P.M、S.M.M)和Mode-Shift检测下,除了广东罗坑4个种群不显著外,其他种群均可能经历了显著的瓶颈效应。(5)基于线粒体探讨鳄蜥种群历史动态。Tajima’s D、Fu and Li’s D、Fu and Li’s F均显著大于0(P<0.05),表明鳄蜥种群偏离中性选择状态,可能经历了瓶颈效应或者平衡选择。