行政规范性文件作为行政机关进行社会管理的重要依据，影响着不特定多数人的利益，在现实的行政执法领域，大量不合法规范性文件被作为具体行政行为的依据，严重侵害了行政相对人的合法权益。2014年修改的《行政诉讼法》正式确立了人民法院对行政规范性文件的附带审查权，人民法院也在司法实践中逐步探索着对这一制度的理解。但由于目前法院对违法规范性文件的处理方式不具备强制拘束力，同时规范性文件的制定机关也欠缺清理违法条款的积极性，因此附带审查后的不合法规范性文件得不到及时、有效的纠正。本文的核心问题是附带审查后不合法规范性文件的处理研究，通过发掘和改进人民法院处理方式中的问题，提出激发规范性文件审后处理效用的方法，以期达到及时清理违法条款的制度目的。
　　本文的第一章分为三个部分。首先对规范性文件司法审查认定不合法后的制度现状进行梳理，介绍人民法院在司法审查认定规范性文件为不合法后的两种处理方式。其次对规范性文件司法审查案件进行实证性研究，并从规范性文件适用情况、司法建议提出情况及司法建议答复情况几个角度分别进行分析。最后结合附带审查案件的法规现状及运行现状，分别指出目前人民法院处理方法中存在的不足之处。
　　第二章是对人民法院在附带审查认定规范性文件不合法后，向制定机关提出司法建议的问题分析。目前法律仅赋予了人民法院“向规范性文件制定机关发送司法建议”的权力，虽然这种处理方式并不能直接改变违法规范性文件的效力，但是却对最后的清理工作起到了重要的促进作用。不合法规范性文件经过司法审查后，人民法院采用“提出司法建议”作为处理方式的原因是本章研究的基础内容，在分析立法选择司法建议的必要性和运行司法建议的可行性之上，结合司法建议制度独特的价值特点，分析附带审查后司法建议在外在格式、内容质量、程序规范性等方面所存在的问题。
　　第三章从司法建议的接收端进行研究，分析行政机关对司法建议的答复问题。目前制定机关的司法建议答复义务已被法律明确，许多地方政府和法院也通过设定提醒机制与绩效考核机制敦促行政机关落实答复义务。然而现实中司法建议答复的运行效果并不理想，不履行答复义务、答复内容流于形式化的问题依旧严重，如何实现司法建议答复与规范性文件清理工作的衔接依旧存在较大思考空间。
　　最后一章是对规范性文件司法审查认定不合法后的处理问题完善。本章分为两个部分:第一部分针对司法建议的问题进行完善，从司法建议的责任厘定、内容提升、程序规范和配套规则完善等几个方面提出改进建议。在完善司法建议的几个措施中，司法建议本身质量的提高是最具根本性的，提高司法建议书的质量，使建议内容摆脱空洞、笼统的窘境，有助于加深行政机关对司法建议的理解，使制定机关的修改工作有方法可依;第二部分针对行政机关对司法建议的答复问题提出解决对策。司法建议答复的立法目的绝不仅仅止于义务的设定，更重要的是通过实质性的义务履行，促进行政机关完成对不合法规范性文件的修改。因此，若想激发司法建议答复的最大效用，必须使其与规范性文件的清理工作相衔接。除此之外，立足于规范性文件司法审查的宏观视角，有必要理顺司法建议答复与其他制度的关系，探索司法建议答复与规范性文件备案审查、附带审查纠错等规则的转换结合，进一步发展和完善规范性文件的司法审查和审后处理。