随着国家经济实力的增强，自主创新已成为国家经济发展的重要战略。自主创新是原始性创新，集成创新，引进技术消化、吸收和再创新的集合，在十二五规划和党的十八大报告中都强调自主创新是推动我国经济发展的重要力量，大力提高自主创新能力，是加快转变经济发展方式、实现全面建设小康社会奋斗目标的坚实基础，是可持续经济发展的必然要求。然而，不同地区其资源禀赋及科技环境程度不同，自主创新的能力也有所不同。发达地区具备依靠自主创新发展地方经济的条件，对于像云南省这样欠发达地区，其自主创新能力的发展将面临更大的挑战，存在的问题也会更多。这就需要从云南省的实际出发，因地制宜做好本区域自主创新能力的建设工作。　　论文以创新、区域自主创新能力的相关理论和评价方法为依据，从科技环境、创新投入能力、创新产出能力、自主创新促进可持续发展四个方面共18个指标入手，构建区域自主创新能力的评价指标体系，在此基础上采用AHP方法建立评价模型。然后，针对收集的2000年-2011年的统计数据，对云南省自主创新能力进行实证研究。研究得出云南省自主创新能力总体上处于稳定、上升的趋势，其自主创新能力的侧重点从2000年的重视信息化程度，到2005年的考虑经济、环境发展的可持续性，再到2011年的对创新投入力度的增强上，这体现出云南省在自主创新能力的建设过程中与省情相结合，实现云南省自主创新能力的发展。最后，根据实证分析的结果，得出建设云南省自主创新能力需要从政府、企业、科研院所、人才培养等方面进行改善。　　论文通过理论研究和实证分析相结合，针对云南省的实际情况，得出云南省自主创新能力建设的建议，为今后推进云南省自主创新能力的建设提供参考借鉴。