云南省漾濞县先心病流行病学调查及散发房间隔缺损易感基因分析和突变研究

来源 :昆明医科大学 | 被引量 : 2次 | 上传用户:qishikdjj
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[研究背景和目的]CHD是一种最常见的先天性出生缺陷。既往研究表明:CHD的发病率存在区域和民族间差异。自2001年开始,昆明医科大学附属延安医院科研团队对云南省各地区进行CHD流行病学调研。经过15年的工作,我们调研的地区已经覆盖云南省全境,超过20万中小学在校学生纳入筛查范围。第一部分漾濞县流行病学调查属于整个系统流调的一个部分,旨在调查云南省大理漾濞彝族自治县3-16岁人群CHD患病率,并对相关因素进行分析,以了解该地区人群CHD发生现状和分布特点。结合国内外文献报道及我们第一部分的流行病学调查提示:ASD的发病率已经超过VSD和PDA成为CHD最常见的类型。到目前为止,大部分ASD的发生遗传学机制尚不明确。鉴于此,我们的第二部分拟采用全外显子测序技术结合个体化的生物信息学分析方法,从整个基因组层面探索ASD患者的遗传学背景,以寻找ASD新的易感基因和突变位点。[方法]第一部分:采用横断面流行病学调查方法,于2015年1月对云南省大理漾濞彝族自治县3-16岁在校学生共计9945人进行分层整群抽样分析。以问卷调查结合体格检查为初筛,对初筛可疑阳性的病例进行心脏彩色超声多普勒检查以明确诊断。第二部分:采集昆明医科大学附属延安医院心脏大血管外科行ASD修补术患者术中修剪下废弃房间隔组织5例,同时采集患者外周血作为自身对照。分别提取心肌来源和外周血来源的基因组DNA。将心肌来源的DNA作为WES样本,HiSeq2500二代测序仪进行WES。测序所得原始数据经转换和ANNOVAR软件注释得到所有外显子区域的SNV,对这些SNV进行数据库过滤(dbSNP、 1000GEMO、NHLBI)和个体化生物信息学分析后,优先筛选出部分稀有突变位点作为候选基因位点。使用Sanger测序法排除其中的假阳性位点后,剩余位点作为拟验证对象,Mass-Array技术将5‘例ASD样本外周血来源的DNA与同一患者心肌组织来源的DNA进行比对。将比对一致的位点使用Mass-Array在421例ASD患者和507例健康志愿者中进行验证。最后,使用siRNA基因干扰技术沉默H9C2心肌细胞HYDIN基因,采用qRT-PCR方法检测HYDIN siRNA对HYDIN基因的干扰效率。对成功沉默HYDIN的心肌细胞进行细胞迁移能力(划痕实验)、细胞凋亡情况和细胞周期分布情况的检测(]ACS检测),以明确HYDIN基因在H9C2心肌细胞中的作用。[结果]第一部分:通过体格检查,检出疑似病例共计505例,经心脏彩超确诊CHD患者共计79例,漾濞县CHD总患病率为7.94‰。其中,男性:7.17‰,女性:8.69‰;女性患病率高于男性,差异有统计学意义(P<0.05)。漾濞县彝族患病率8.259‰,高于该县总体水平,差异有统计学意义(P<0.05)。不同年龄段患病率:3-6岁:4.63‰,7-12岁6.45‰,13-16岁:11.11%o,组间比较差异有统计学意义(P<0.05)。对漾濞县9个乡镇进行分别统计后发现:各乡镇患病率有差异,CHD患病率和当地GDP水平负相关;亚型分析后发现:ASD是漾濞县CHD的最常见类型。第二部分:5例ASD患者WES共得原始数据20.7GB,经转换和ANNOVAR软件注释得到外显子区域单核苷酸变异共计181762个。通过dbSNP、1000GEMO和NHLBI数据库过滤得到稀有突变713个,个体化生物信息学分析后优先选择25个候选基因的33个稀有突变位点进行Sanger测序法验证,排除假阳性位点1个。对剩余32个位点进行外周血和心肌组织来源的DNA的同一比对,结果显示:心肌组织来源的DNA和外周血来源的DNA 32个位点突变类型一致,未发现体细胞突变现象。使用Mass-Array对这32个位点进行临床样本验证,结果显示:TTN、HYDIN、ZFPM1、XPO1、FOXL2基因可能是新的ASD易感基因。MYH6基因23862952、XPO1基因61708404位点可能与部分ASD发生相关,FOXL2基因138665410位点(NM023067c.C155G:p.A52G)在房间隔缺损组突变频率高达25.9%,对照组未检测到该位点突变,统计学分析差异有统计学意义(P<0.05)该突变可能与ASD发生高度相关;最后,通过siRNA干扰技术,我们沉默了H9C2心肌细胞中的HYDIN基因,对沉默HYDIN基因的H9C2细胞进行检测:划痕实验发现细胞迁移能力减弱;流式细胞仪检测细胞凋亡和细胞周期发现:沉默HYDIN基因的H9C2细胞停留在G1期的增加,S期减少,细胞凋亡增加。[结论]1.漾濞县CHD总患病率高于云南省平均水平,彝族CHD患病率高于其它民族;2.漾濞县男女CHD患病率有差异,女性多于男性;3.漾濞县各乡镇患病率有差异,患病率与当地经济水平负相关;4.漾濞县CHD发病率在近15年有逐年下降的趋势;5.ASD是漾濞县CHD的最常见类型;6.应用WES结合个体化后期生物信息学分析的方法寻找散发ASD易感基因是可行的;7.散发ASD遗(?)异质性强,基因突变谱范围广,大规模临床样本验证是必要的;8.体细胞突变可能不是ASD的发生原因;9.TTN、HYDIN、ZFPM1、XPO1、FOXL2可能是新发现的ASD易感基因;10.MYH6基因23862952、XPO1基因61708404位点的稀有突变可能与部分ASD发生相关;11.FOXL2基因138665410位点可能与ASD发生高度相关,该突变引起ASD的具体机制值得进一步研究。
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