多药耐药相关基因MTHFR、MDR1和ERCC1多态性与肿瘤患者铂类化疗反应的生物信息学及Meta分析

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目的:通过META分析和生物信息学分析,寻找影响铂类药物药效的可靠的预测标记,指导肿瘤患者个体化治疗,提高铂类药物在抗肿瘤治疗中的有效性和安全性。研究方法:在本Meta分析和生物信息学数据分析中包括了31项合格的研究,使用Stata15.1软件(Stata Corp LP,College Station,USA)和开源的Meta-Analyst程序(https://www.cebm.brown.Edu/openmeta/)来进行所有的统计分析。使用了包括Oncomines(https://www.oncomine)和GENT(http://medical-genome.kribb.re.kr/GENT/)和基因表达Omnibus(GEO)数据集等在线工具进行预后和基因表达分析。此外,DNA修复基因表达和预后的关联是通过使用可用于预测基因组图谱的临床结果的数据集(PRECOG,http://precog.stanford.edu)来评估的并采用基于TCGA数据集的c Bio Portal工具分析这些DNA修复基因的改变,包括突变、融合、扩增、深度缺失。结果:1、MTHFR A1298C多态性与大肠癌患者使用铂类化疗药的药效具有相关性,在等位基因模型中,与A等位基因相比,C等位基因增加了铂类化疗药的耐药性[OR(95%CI)=1.862(1.144-3.031),P=0.012];在隐性基因模型中,CC基因型与AA/AC基因型相比增加了铂类化疗药的耐药性[OR(95%CI)=2.441(1.301-4.579),P=0.005],在杂合基因模型中,AC基因型与AA基因型相比增加了铂类化疗药的耐药性[OR(95%CI)=2.361(1.243-4.483),P=0.009];2、MDR1 C1236T多态性与亚洲人群对铂类化疗药的耐药有关,5种模型显示C1236T位点突变的发生可以降低亚洲人群对铂类化疗药的耐药[等位基因模型T VS.C:OR(95%CI)=0.680(0.525-0.881),P=0.003;显性基因模型TT VS.TC/CC:OR(95%CI)=0.610(0.414-0.899),P=0.013;隐性基因模型TT/TC VS.CC:OR(95%CI)=0.641(0.418-0.981),P=0.041;纯合基因模型TT VS.CC:OR(95%CI)=0.514(0.309-0.856),P=0.011;杂合基因模型TC VS.CC:OR(95%CI)=0.766(0.480-1.221),P=0.262];3、MDR1C3435T多态性与非小细胞肺癌患者使用铂类化疗药的药效具有相关性,在等位基因模型中T等位基因与C等位基因相比降低了铂类化疗药的耐药性[OR(95%CI)=0.663(0.448-0.982),P=0.040],在隐性基因模型中,TT基因型与CC/CT基因型相比降低了铂类化疗药的耐药性[OR(95%CI)=0.580(0.360-0.935),P=0.025],在纯合基因模型中,TT基因型与CC基因型相比降低了铂类化疗药的耐药性[OR(95%CI)=0.462(0.259-0.824),P=0.009],在杂合基因模型中,CT基因型与CC基因型相比降低了铂类化疗药的耐药性[OR(95%CI)=0.634(0.416-0.965),P=0.033],其余位点在5种模型的分析中,显示与耐药无明显相关性;4、33种癌症中,总体来讲MDR1和MTHFR基因表达水平较低,ERCC1基因表达水平较高。在血癌、淋巴瘤、骨髓瘤患者的癌症组织中ERCC1基因表达明显增高,MDR1基因仅在血癌患者中表达明显增高,且MDR1基因在肺鳞癌和乳腺癌中表达水平降低明显,MTHFR在肺癌中表达水平降低明显,在结直肠癌中正常组织与癌症组织无明显区别;5、在芯片GSE4573中,MDR1基因低表达的肺癌患者整体生存率(OS)明显降低(Log-rank检验:P<0.0001,HR=0.60,95%CI=0.37-0.97),在芯片GSE17536、GSE24550中MTHFR基因低表达的结直肠癌患者整体生存率(OS)明显降低(Log-rank检验:P<0.0001,HR=0.40,95%CI=0.24-0.65;P<0.0001,HR=0.21,95%CI=0.04-0.99),在芯片GSE19188和芯片GSE29013中ERCC1高表达的肺癌患者整体生存率(OS)明显降低(Log-rank检验:P<0.0001,HR=2.93,95%CI=1.25-6.90;P<0.0001,HR=7.52,95%CI=0.92-61.48);6、3个候选基因的总遗传改变水平仅从1.3%-9%不等,但出现了较高水平的重复多态性或体细胞突变,如错义突变、融合突变、深度缺失,33种癌症的改变频率较高,特别是黑色素瘤和宫颈癌超过了15%,3个基因在不同的蛋白域中均有较高突变。结论:1、携带MDR1 C1236T突变的亚洲人群肿瘤患者和携带MDR1 C3435T突变的非小细胞肺癌患者对铂类化疗药物敏感;2、携带MTHFR A 1298C突变的大肠癌患者对铂类耐药;3、生物信息学分析证实,在33种癌症中,MDR1和MTHFR基因表达水平较低,ERCC1基因表达水平较高;4、进一步分析发现ERCC1基因表达水平的增高或MDR1基因表达水平的降低提示非小细胞肺癌患者的预后较差,MTHFR基因低表达提示结直肠癌患者预后不良。
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