随着中国社会的发展,非营利组织发挥的作用越来越重要,在社区、卫生、文化、教育、科学、扶贫等涉及社会公益事业领域发挥的作用尤为明显。在发挥重大作用的同时也遇到了很多意想不到的困难。尤其是在2011年的“郭美美事件”后引发了社会公众对非营利组织的质疑。特别是对非营利组织的资金运行体系产生了浓厚的兴趣。公众的关注迫使非营利组织的资金运行体系的改造迫在眉睫。构建非营利组织资金良性运行体系是保证非营利组织可持续性发展的前提。但我国的非营利组织在资金管理方面还落后于发达国家,也落后于组织自身发展要求。非营利组织时常会面临来自资金方面的压力和困扰而延缓了其发展的步伐,甚至因资金管理方面的问题而难以为继,某些非营利组织甚至因财务规范问题已不适应其组织发展的要求。因此,当前需要加强对非营利组织资金运行的研究,建立一个资金良性运行体系,从而促进非营利组织健康有序地发展。目前我国非营利组织存在的问题是：预算管理落后；筹资困难；资金投放使用欠科学规范；监管缺位；财务信息不透明等问题。文章对我国非营利组织资金良性运行进行研究,旨在从组织因素和环境因素两方面对非营利组织资金运行不畅进行成因分析,以全面预算、财务收支管理、财务及风险监控等方面为主要内容,建构非营利组织资金管理体系。并以华侨基金会为案例运用该体系,希望为我国非营利组织今后的长足发展提供参考。