长江口是受到气候变化和人类活动影响剧烈的海域。本论文利用1998-2011年间5月和11月份的浮游动物现场调查数据,在分析其群落结构和优势种的基础上,给出了不同地理群落在三峡蓄水前后的变动情况以及长期的变化趋势。同时,根据主要生源要素组成,从生态化学计量学角度考察了浮游动物群落的长期变化。基于环境因子对长江口站位进行了聚类,得到了三个异质的海域(区域I、II、III),其边界与盐度梯度存在很大的相关性。基于浮游动物物种组成及相对丰度进行聚类,得到了有显著差异的三个群落(群落A、B、C)。浮游动物群落与环境因子划分的区域有紧密的关联但并不完全一致。浮游动物的三个群落呈现出连续变化的性质,并且在年际间具有可比性和延续性。概括来讲,普遍的规律是:淡水种如华哲水蚤以及半咸水种如许水蚤、歪水蚤只在群落A中占优势,在群落B中少量出现,在群落C中消失;近岸种如真刺唇角水蚤出现在群落A和群落B,在群落C中消失;外海种如中华哲水蚤和箭虫的优势度从群落B开始显著,并且在群落C中进一步增强;水母类只在群落C中具有一定的优势度。以三峡首次蓄水为分界点,分析了水利工程运行前后的浮游动物群落的变异。秋季在河口低盐区I的主要变化是物种丰富度、多样性指数和均匀度的增加,中华哲水蚤、小拟哲水蚤、拿卡箭虫等外海种呈范围扩展之势。春季蓄水前后的变化在中盐区II和过渡群落B中更加明显,大型桡足类和胶质类丰度降低,而物种丰富度、多样性指数和均匀度增加。在前面生态区划的基础上,分不同的地理群落进行了长期变化趋势比较和分析。分群落来看,春季在整个海域水母类丰度呈减少趋势,而桡足类占比和小型桡足类在桡足类总丰度占比呈增加趋势,增加主要来自过渡群落B和外海群落C。秋季在整个海域桡足类丰度呈显著增加趋势,而大型甲壳动物和肉食性胶质动物丰度呈显著降低趋势。分区域来看,河口低盐区I的秋季物种丰富度、多样性指数和均匀度的显著升高,这与三峡工程蓄水的影响一致,而春季没有显著变化。外海高盐区III在春季是因桡足类增加导致总丰度呈显著升高趋势,而对应物种丰富度、多样性指数和均匀度都是显著降低的趋势;春季桡足类丰度也呈显著升高趋势,但多样性变化不显著。中盐区II春季物种丰富度、多样性指数和均匀度都是显著增加的趋势,丰度变化趋势不明显;秋季变化趋势不明显。从生态化学计量学的视角研究了浮游动物群落的长期变化。结果显示,C/N在所有结果里保持稳定,而N/P则有相当显著的长期变化趋势和季节差异。在秋季的河口低盐区、中盐区以及河口群落、外海群落,N/P都呈现出显著升高的趋势。而在春季的中盐区以及过渡群落,N/P则呈现出显著降低的趋势。