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莲（Nelumbo nucifera L.）,又名荷花、莲花、芙蕖等,在中国栽培超过七千年。莲不仅具有食用、药用和观赏等价值,而且还是佛教的象征物。在莲花的育种研究中,杂交育种依然是培育新品种的主要方法,但是杂交育种无法在短时间内将莲花的各种优良性状集中在一起。培育出具有多种优良性状的新品种是莲花产业化的关键。现代分子育种可以结合分子标记辅助育种来提高育种效率,构建莲花极端表型的高密度遗传图是挖掘高质量分子标记的有效方法。第二代测序技术和生物信息学的发展使准确、高效地挖掘SNPs标记成为可能,同时也提高了构建遗传图谱的效率。本研究主要基于全基因组重测序的方法来构建遗传连锁图。为了定位莲花花瓣数的调控基因,本研究以中国莲多瓣品种“金秋”为父本,中国莲少瓣品种“白花建莲”为母本,构建了121株花瓣数量性状分离良好的F2代群体。利用单核苷酸多态性分子标记构建了莲花的高密度遗传图谱,定位到了一些与花瓣数性状相关的候选基因。主要结果如下:（1）本研究对121个莲花样本进行全基因组重测序,得到了704Gb的原始数据,经过筛选而得到636Gb的过滤数据。经过变异检测和遗传作图。最终构建了一个包含1939个区间标记和79,596个SNPs标记的中国莲高密度遗传图谱。该图谱包含8个连锁群,标记平均图距为0.49cM,遗传图总长度为772.92cM,8个连锁群平均长度为96.61cM。其中,第五号连锁群上有111个区间标记,是8个连锁群中区间标记数最少的,第三号连锁群上有273个区间标记,是连锁群中标记数最多的。（2）根据遗传图结果与花瓣数表型数据,使用MapQTL定位到了一个与花瓣数性状连锁的高质量QTL位点,这个QTL位于第五号连锁群的90.7cM到101.3cM之间。根据莲花基因组注释的结果,确定了该区域内有237个编码基因。通过SNP注释分析,该区域内共有35个基因的编码区或者调控区域存在错义突变。标记000072.173888887与该高质量QTL的LOD峰值连锁最紧密,LOC104593900、LOC104593882和LOC104593872这三个靠近000072.173888887标记的基因可能是主要候选基因。综上所述,本研究首先构建了莲花高密度遗传连锁图,然后定位到了一个高质量的QTLs位点,最终确定了35个候选基因和3个主要候选基因。这对莲花花瓣性状改良的分子标记辅助育种具有重要意义。