为满足党和国家机构职能的高效协同的要求,2018年国家推行组织机构改革,此次改革将国地税合并,分税制彻底成为历史。国家税务总局积极响应改革要求,并对税务稽查提出了更进一步的改革措施:取消县区级税务局稽查部门,权力上交,在市级层面根据管辖范围成立多个跨区域稽查局。税务稽查实行扁平化管理,独立性得到提高,稽查实效切实增强。税务稽查担负维护和谐税收秩序,保障国家税收的重要职责。虽然跨区域稽查局的出现,确实使税务稽查成绩得到了提高,但从实际工作中来看,仍存在诸多方面的问题。基于上述背景,本文以纳税遵从理论及依法治税原则为指引,以甘肃省庆阳市税务局跨区域稽查为个案,从机构设置、组织协调、人员情况等方面对庆阳市稽查系统现状进行介绍,阐述其在稽查职能、机构运行、系统内外部门互动、人员配置、跨区域稽查法律政策这五个方面存在的不足,并总结归纳出产生问题的原因为对稽查认识不足、体制建设落后、内外部协作重视和支持不足、人力资源管理不合理、法治体系建设滞后。最后参考国内外先进思想与成功经验,并结合自身所学,从实际出发提出五条应对建议:确保稽查职能正常发挥、健全稽查内部体制、加强跨区域稽查内外互动交流、优化跨区域稽查人力资源建设、完善稽查法制体系。期望能够对跨区域稽查的完善提供些许帮助。