随着我国高校规模和办学自主权逐步扩大，高校内部控制在保障学校管理目标的实现、保证各业务活动经济性、效率性和效果性的作用上越来越明显，各高校也逐渐重视内部控制建设。但最近几年，部分高校因过度融资引发的财务风险及一系列高校经济案件说明，我国高校内部控制制度还存在诸多不完善的地方。目前国内关于内部控制制度的大量研究都是基于一般企业、金融机构等盈利组织，国家也相继出台了一系列有关企业内部控制的法律、法规，企业内部控制理论与实践都相对成熟。2008年，财政部等五部委发布《企业内部控制基本规范》，标志着我国企业内部控制与国家接轨，内部控制理论与应用在我国上升到新的层面。对于高校等非盈利组织的内部控制研究起步较晚，理论研究相对滞后，尚未建立完整系统的理论。因此，为了促进高校内部控制理论的健康持续的发展、更好地将内部控制活动与实践的相结合，研究高校的内部控制理论具有十分重要的意义。针对目前我国高校内部控制体系尚不完善，理论研究不能完全满足实践需求，本文回顾了内部控制发展历程，概述内部控制理论基础，总结出内部控制的本质各特征，运用典型案例分析剖析我国高校内部控制存在的问题，选取国内外内部控制研究最新成果作参考，从我国高校实际情况出发，用两个层次划分高校内部控制要素，第一层次要素包括高校的控制环境、风险评估、控制活动、信息与沟通、监控等五个要素。第二个层次为第一层次要素的细化，包括17个要素。尝试性的构建了我国高校内部控制体系理论框架，并根据模糊综合评价法构建模型对其有效性进行评价，以A高校内部控制为应用实例检验其有效性。本文共分六个章节：第一章为引言部分：主要介绍了本文的研究背景、现状、方法、意义以及结构与框架等；第二、三、四章是理论部分：一是对内部控制的发展历程进行了回顾，并对其基础理论进行了阐述，总结出内部控制理论框架；二是分析高校内部控制的特点，结合高校频发的经济案件分析了我国高校内控的现状，这为我国高校内部控制理论体系的构建提供前提；三是对我国高校内部控制体系框架进行了尝试性构建，并对其控制体系要素进行了细分；第五章是应用模型对高校内部控制体系有效性进行评价；第六章是结论和建议部分，主要是从控制环境等五要素方面提出了相关建议，更好地促进我国高校内部控制体系发展。