由于混沌具有对初始条件极端敏感、似噪声、连续宽频谱等特性，近年来在保密通信等领域得到了深入的研究和广泛的应用。但是，目前混沌控制和混沌同步理论并不成熟，还有很多理论和技术上的问题需要解决。针对目前混沌同步研究中存在的一些问题，本文以连续和离散混沌系统为研究对象，通过对混沌同步理论、混沌同步方法及其应用等相关问题的研究，为混沌同步及其应用提供理论方法和扩充理论基础。 首先，针对粒子群优化算法(PSO)易陷入早熟陷阱的缺点，本文提出改进型粒子群优化算法(MPSO)和蜜蜂进化型粒子群优化算法(BEMPSO)。本文对五个典型的测试函数分别用不同的粒子群优化算法进行了优化仿真实验，并对实验结果进行了比较和分析，得出BEMPSO具有很好的收敛性。这些理论的研究将为本文以后章节的研究提供有力的研究依据。 其次，为了实现连续和离散混沌系统建模，将分层递阶蜜蜂进化型粒子群优化(DDBEMPSO)算法用于神经网络训练，给出了基于DDBEMPSO的RBF神经网络学习算法的设计方法和基于DDBEMPSO的混沌神经网络学习算法的设计方法。通过连续和离散混沌映射时间序列预测的仿真实验，得出分层递阶蜜蜂进化型粒子群优化方法提高了搜索效率，克服了早熟现象，提高了收敛性，取得了较好的仿真结果。 再次，针对混沌信号受到信道噪声的影响，难以很好的达到同步问题，基于自适应逆的原理设计了自适应逆控制器，引入到混沌同步，对系统中存在的扰动和噪声进行了消除，取得了很好的效果。自适应逆控制对于消除信号中的噪声具有最优性，非常适合在混沌同步中应用。并采用此方法对噪声干扰的离散混沌系统和连续混沌系统同步仿真研究，对比利用DDBEMPSO优化RBFNN和CNN用于辨识和控制离散混沌系统同步数字仿真，可知对离散混沌系统来说，采用CNN结构构造辨识器和控制器比采用RBFNN结构构造辨识器和控制器性能更优越。 最后，详细地介绍了基于混沌同步的振幅隐蔽调制保密通信原理，并对自适应逆控制的振幅隐蔽调制离散混沌同步步骤加以说明。分别以Logistic映设和Lorenz连续混沌系统为例进行仿真研究。重点阐述了超混沌同步的保密通信，分析四维超混沌LC振荡器模型，采用DDBEMPSO算法优化神经网络，进行对象辨识模型，控制器自适应滤波和扰动消除器自适应滤波，振幅隐蔽调制超混沌同步保密通信仿真，仿真表明，该同步系统可以真实地实现对信号的保密通信传输。