现代大学制度的本质和核心是高校治理结构。完善的高校治理结构有利于内部会计控制制度的建立和执行,健全的内部会计控制机制能促进高校治理结构的完善和现代大学制度的建立,强化高校的内部会计控制已经成为发达国家治理高校的重要手段。因此,从治理结构的角度强化高校内部会计控制,并对两者之间的互动关系进行研究十分必要。文章首先探究高校治理结构与内部会计控制的理论基础,并认为其理论基础溯源委托──代理理论和利益相关者理论。接着定位了高校治理结构与内部会计控制之间的关系。并从产生的基础、共同的目标以及运行机制等方面对其关系进行了论述。在此基础上,文章对我国高校治理结构与内部会计控制的现状进行了描述,并对存在的问题进行了分析。最后,文章从总会计师的引入、专业委员会的建立、利益相关者参与高校治理制度的建立、预算管理措施的强化以及内部审计制度的健全等方面对如何完善高校治理结构以强化内部会计控制进行了详细的论述。高校的治理结构是当代中国高校制度的核心问题,治理结构的改革是高校制度创新的重心。本文的创新在于将高校治理结构和内部会计控制统一起来加以考虑,积极寻找高校治理与内部会计控制的对接点,一方面,加强和完善了高校治理结构,探索出高校治理的新途径;另一方面,在完善高校治理的同时,建立健全高校内部会计控制,能最大限度地优化高校各种资源,确保高校事业健康稳定持续的向前发展,必将对高校的长远发展起到积极的促进作用。