我国在实施了几次重大税制改革之后,中央和地方政府的纵向税收分配得到了很大程度的规范,但区域间政府的横向税收分配问题却没有得到很好的解决,特别是全面营改增实施以来建筑业横向税收分配问题更是逐渐凸显出来。建筑业的横向税收分配成为了新税制下地方政府和税务部门越来越关注的一个课题。本文通过梳理有关文献,总结出现行税制下区域间横向税收分配失衡的体现形式是区域税收与税源的背离,提炼出产生背离的主要影响因素是税制设计、企业跨区域经营和区域政府间的税收竞争,并提出以税源地贡献原则建立合理的区域间的横向税收分配机制。本文选择具有一定代表性的Y省X州的建筑业分析其横向税收分配的现状,采用征管数据和调研数据分析横向税收分配存在的问题,再辅以案例研究归纳出Y省X州建筑业横向税收分配存五个突出的问题:第一,建筑业项目税收收入与税源背离。建筑项目所在地努力筹集资金建设项目,但却仅能得到部分税收,税收逐渐向项目材料销售地或上级政府流失。第二,州级政府争夺县市政府横向税收收入。第三,县市政府通过行政干预争夺税收管辖权。部分地方政府要求外地企业在本地成立分公司以便将税收留在本地。第四,税务机关产生了税收执法风险。由于X州政府对州级重点工程项目税款征收的要求与现行制度要求相悖导致了税务机关产生了税收执法风险。第五,增值税留抵退税政策导致横向税收分配的进一步失衡。现行增值税留抵退税制度表现出的最大问题即是企业所在地没有取得该进项税对应的销项税收入,但是需要承担企业申请退税额的15%。最后基于以上问题,提出改革税制及税款入库机制;由省级政府制定横向税收分配的税源地制度;建筑业项目使用分立核算法;税法管辖优先,破除不必要的行政干扰;合理划分地方政府财权及事权,建立科学考核机制;改变增值税留抵退税地方分担方式;完善税收征管机制,中央全额保障税务机关经费的建议从而建立更为合理的区域间的横向税收分配制度。