利用生物信息学鉴别肝细胞癌关键基因

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目的:利用生物信息学方法确定与肝细胞癌临床表型相关的关键基因,探讨其与肝细胞癌的关系。方法:利用TCGA数据库中的数据集进行差异分析。利用加权重基因共表达网络分析(WGCNA)分析差异基因,构建基因共表达网络并确定与临床表型相关的关键模块。对关键模块基因进行GO分析和KEGG通路分析,进行LASSO回归并建立预后风险评分公式,以鉴定预后相关的基因。结果:差异分析得到2548个差异基因。基因共表达网络包括4个模块,每个模块的基因表达相似,其中绿松石(turquoise)模块与病理分级呈正相关,GO富集分析结果为参与细胞器裂变等,KEGG富集分析结果为细胞周期等。LASSO回归和预后风险评分公式筛选出4个关键基因包括ANGPT2、CDCA8、SLC7A11和CYBB。本研究所鉴定的模块基因和关键基因有望成为肝细胞癌预后的候选靶点。结论:总共鉴定出1个模块和4个关键基因。这些关键基因可能为肝细胞癌的检测和治疗开辟了新的可能,但肝细胞癌的发生发展机制尚需进一步研究。
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