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随着蛋白质研究的发展，双向电泳技术已经在许多领域获得了应用。 双向电泳是将等电聚焦电泳和聚丙烯酰胺凝胶电泳结合起来的一项新型试验技术。主要步骤是首先进行蛋白质的样品制备，然后进行第一向等电聚焦电泳，再进行胶条的平衡，然后转移进行第二向聚丙烯酰胺凝胶电泳，再进行胶块的染色，最后扫描成像，利用分析软件进行分析。 本试验以大豆质核互作雄性不育系NJCMS1A、NJCMS2A及其各自的保持系NJCMS1B、NJCMS2B为材料，提取种子、叶片和花药的蛋白质。在大量摸索蛋白质双向电泳技术方法的基础上，建立起了一套适合大豆蛋白质双向电泳的技术体系。 首先利用三氯醋酸—丙酮提取法提取大豆蛋白，以BIO-RAD公司的CELL等电聚焦仪进行等电聚焦电泳，平衡之后在BIO-RAD公司的MINI-CELL微型电泳仪上进行第二向SDS-PAGE电泳，电泳完毕后使用通用的银染方法染色，所得的图谱利用BIO-RAD公司的VERSEA-DOC 3000进行凝胶的扫描，最后运用PDQuest软件进行蛋白质点的匹配和比较分析。 在大豆质核互作雄性不育系NJCMS1A和保持系NJCMS1B的种子、叶片和花药的蛋白质图谱的比较中，发现不育系NJCMS1A种子蛋白质相对于保持系NJCMS1B种子蛋白质一方面多出现5个蛋白质点，另一方面又少出现2个蛋白质点；保持系NJCMS1B叶片蛋白质相对于不育系NJCMS1A叶片蛋白质多出现8个蛋白质点；保持系NJCMS1B花药蛋白质相对于不育系NJCMS1A花药蛋白质多出现46个蛋白质点。不育系NJCMS1A与保持系NJCMS1B是同核异质材料，造成以上蛋白质点差异可能是由于细胞质中的育性调节基因所致。 在大豆质核互作雄性不育系NJCMS2A和保持系NJCMS2B的种子、叶片的蛋白质图谱的比较中，发现不育系NJCMS2A种子蛋白质相对于保持系NJCMS2B种子蛋白质一方面多出现1个蛋白质点，另一方面又少出现5个蛋白质点；保持系NJCMS2B叶片蛋白质相对于不育系NJCMS2A叶片蛋白质多出现26个蛋白质点。不育系NJCMS2A与保持系NJCMS2B是同核异质材料，造成以上蛋白质点差异可能是由于细胞质中的育性调节基因所致。 在不育系NJCMS1A与NJCMS2A的种子、叶片的蛋白质图谱的比较中，发现不育系NJCMS1A种子蛋白质相对于不育系NJCMS2A种子蛋白质一方面多出现3个蛋白质点，另一方面又少出现2个蛋白质点；不育系NJCMS1A叶片蛋白质比不育系NJCMS2A叶片蛋白质多出现25个蛋白质点。由于不育系NJCMS1A、NJCMS2A是同质异核材料，以上蛋白质点差异可能是由于不同的细胞核基因作用的结果。