菊花（Chrysanthemum morifolium Ramat.）具有重要观赏价值和经济价值。但菊花基因组大且高度杂合,遗传模式不明确,导致菊花的遗传分析和分子标记辅助选择（Marker-assisted selection,MAS）育种等方面落后于其他作物。MAS育种对提高植物育种效率具有巨大潜力,是现代菊花育种的发展方向之一。为此以菊花‘金不凋’转录组测序获得的EST（Expressed sequence tag）数据为基础,开发菊花EST-SSR（EST-simple sequence repeat）标记,构建遗传分离群体,分析遗传模式,构建遗传图谱,对主要观赏性状进行遗传分析和QTL（Quantitative trait locus）定位。主要研究结果如下:1.菊花品种‘金不凋’转录组中,从3,823条unigenes中检测到4,661个SSR位点,平均每6.98 kb含有一个SSR位点,三核苷酸重复（30.0%）数量最多,其次是二核苷酸重复（17.9%）。共合成1,584对EST-SSR引物,831对引物成功扩增,其中361对引物在作图群体中具多态性。在59份样本中,用随机挑选的25对EST-SSR引物进行遗传多样性分析和通用性检测,多态性信息含量范围从0.29到0.86,平均0.67;通用性检测发现,16（64%）对引物在12个野生种间具有100%的通用性。进一步分析59份样本的亲缘关系,neighbor-joining聚类分析表明主要集群与传统分类一致,群体结构分析和PCA（Principal component analysis）分析进一步验证了该结果。本研究开发的EST-SSR标记能有效反映菊花丰富的遗传多样性,可用于菊花遗传图谱构建及MAS育种中。2.植物数量性状主基因+多基因混合遗传模型分析表明管状花数、小花总数、舌状花长度、叶长、叶宽和叶长/宽比均符合0MG模型,无主效基因,由受环境影响较大的微效多基因控制。花径、舌状花宽度和舌状花长/宽比符合2MG-ADI模型,由两对加性-显性-上位性主基因控制,主基因遗传率分别为21.76%、33.73%和30.28%;心花直径符合2MG-EAD模型,由2对同等加性-显性主基因控制,主基因遗传率为53.87%;舌状花轮数符合1MG-AD模型,由1对加性-显性主基因控制,主基因遗传率为56.36%;舌状花数符合2MG-AD模型,由2对加性-显性主基因控制,主基因遗传率为76.26%。3.菊花的遗传模式为完全或接近完全的六体遗传。EST-SSR标记分离分析中,204个标记等位基因符合六体遗传,150个标记等位基因符合二体遗传,表明菊花中标记的分离优先六体遗传;多剂与单剂标记的比例符合六体遗传1:3的预期分离比,支持六体遗传;simplex标记连锁相分析发现,处于相引相和相斥相标记的比例为1:0,支持六体遗传;对5个EST-SSR标记在后代中的传递和分离分析表明,菊花中的染色体行为支持随机配对。4.利用EST-SSR标记构建菊花遗传图谱。初始母本和父本图谱皆由268个标记等位基因构成,分别生成49条和53条连锁群,连锁群的平均长度分别为36.8 c M和38.4 c M。重组后的母本和父本图谱分别覆盖基因组的906.3 c M和970.1 c M,标记间的平均距离分别为6.4 c M和7.5 c M。最终的整合图谱由264个EST-SSR位点组成9条连锁群,总长度954.5 c M,平均图距3.6 c M。5.连续观测记录F1群体三年的表型数据,对菊花的叶部和花部12个性状进行QTL定位,共鉴定出36个QTLs（21个主效QTLs）。检测到控制花径、心花直径、舌状花轮数、舌状花数、管状花数、小花总数、舌状花长度、舌状花宽度和舌状花长/宽比的QTL数分别为7、2、2、1、3、4、4、4和5个。检测到2个、1个和1个QTLs分别控制叶长、叶宽和叶长/宽比。其中在LG（Linkage group）3、LG 4和LG 8上分别检测到3个、1个和1个QTL簇,有助于同时对几个相关性状进行遗传改良。在开发菊花EST-SSR标记的基础上,利用F1群体,验证了菊花为完全或接近完全的六体遗传。利用EST-SSR标记构建的菊花遗传图谱,为后续精细定位等工作奠定了重要基础。