GAP43与DDX3X的无序结构预测与相互作用分析

来源 :哈尔滨工业大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:j443191910
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关于蛋白质的结构和功能,一般认为“序列决定结构,结构决定功能”。但是近年来,越来越多的研究人员发现有些蛋白质没有明确的三维结构,但是却具有特定的生物学功能。我们将这类蛋白称为固有无序蛋白(IDPs)。无序蛋白质广泛参与信号传递、DNA转录、细胞分裂、蛋白质聚集和相分离等重要的生理与病理过程。实验室前期研究中,发现在结直肠癌中GAP43基因启动子区域DNA的甲基化修饰会造成其基因表达沉默,同时GAP43的表达上调能够在很大程度上抑制结直肠癌细胞的增殖、迁移和侵袭。在本研究中,发现GAP43与DDX3X存在着相互作用。对GAP43和DDX3X进行无序结构预测,结果表明GAP43和DDX3X都是固有无序蛋白。GAP43是完全无序蛋白质,DDX3X是在N端和C端都含有无序结构域(IDR)的部分无序蛋白质。研究表明,无序结构域的存在是极有可能发生相分离现象的。已经证实DDX3X蛋白N端IDR的乙酰化会对其相分离产生影响,同时影响应激颗粒的组装。GAP43和DDX3X之间的相互作用,是否也会产生这种相分离的变化还需要进一步的验证。为了探究GAP43和DDX3X的无序序列的功能特点,对GAP43和DDX3X进行了翻译后修饰(PTM)位点和分子识别特征(Mo RF)预测分析。分析结果表明:GAP43和DDX3X的无序结构域都含有大量的磷酸化和泛素化位点,含有分子识别特征元件。这表明了GAP43和DDX3X的无序结构域具有较强的分子调控能力,能更好的接受细胞的调控。本研究为探索GAP43和DDX3X的相互作用和相分离提供了新的证据的思路。
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