作为刚刚上升为国家战略的军民融合深度发展战略,是我国从国家安全和发展战略全局出发、统筹社会经济建设与国防建设协调发展的重要举措。国务院和地方政府作为军民融合的主体推动者,都在想方设法的推进军民融合发展。边疆省区由于自然条件和经济发展的固有特点,更是想抓住机遇,将军民融合作为“新常态”背景下推进社会经济发展的重要动力。然而军民融合深度发展的主要问题就在于怎样“深度”,深度发展就强调要不同于以往的发展方式,要抓住根本进行变革。本论文利用行政管理学理论、国家创新体系理论和制度变迁理论等分析军民融合问题,提出通过构建综合体系来推进军民融合深度发展。从军民融合的内涵与历史发展状况入手,分析我国边疆省区军民融合发展的特殊性与发展障碍。通过深入研究得出军民融合的主要问题在于思想意识、体制机制、政策法规和固有利益格局。通过理论和经验分析,认为规划顶层设计,构建一个包括价值理念、组织结构、综合机制、技术方法和法制保障在内的综合运行体系是保障军民融合“深度”发展的根本所在。