目前我国农信社仍然存在着地区间发展不平衡、产权不明晰、所有者缺位和法人治理结构不完善等一系列问题，面对这一严峻的现实，银监会于2010年颁发《关于加快推进农村合作金融机构股份制改造的指导意见》，按照此意见的要求，农信社需要进行以产权制度改革为核心的股份制改造。同时，按照银监会稳定县域的要求，改革后的农信社应组建以地（市）级的小型农村商业银行为主。本文分析了农信社产权制度的委托代理问题，探讨了农信社各主体之间的博弈关系，提出了农信社产权制度改革的思路。本文在回顾委托代理理论和西方小银行优势理论的基础上，分析了农信社产权制度存在的监督主体缺位、代理人缺乏有效激励、委托代理链条过长和内部人控制等四个方面的问题，建立了信贷员与高层管理者、高层管理者与社员的两阶段博弈模型以及高层管理者与省联社（地方政府）的博弈模型。博弈分析结果表明，（1）信贷员违规的可能性与高层管理者的监督成本成正比，与信贷员违规的经济处罚和监督的有效性成反比；高层管理者监督的可能性与信贷员违规的租金收入成正比，与违规的经济处罚、信贷员合规的正常收益和监督的有效性成反比；（2）高层管理者违规的可能性与社员的监督成本成正比，与高层管理者违规的经济处罚、社员监督的有效性和每个社员的持股比例成反比；社员监督的可能性与高层管理者违规的额外收益和社员的总体持股比例成正比，与违规的经济处罚、监督的有效性和高层管理者的持股比例成反比；（3）农信社的期望利润与“寻租空间”和高层管理者的努力成本系数成反比，与农信社内部控制的约束程度呈非线性关系，当内部控制的约束程度高于一定水平时，农信社的期望利润随着内部控制约束程度的增加而增加，而当内部控制的约束程度低于该水平时，农信社的期望利润随着内部控制约束程度的增加而减少，该内部控制水平由高层管理者虚报的账面利润的比例决定。最后，针对发达地区和落后地区的不同情况分别提出了产权制度改革的路径选择，主要包括了股权结构适度集中和多元化、建立完善的法人治理结构、选择适合的省联社模式、妥善处置不良资产、改进管理模式与优化外部环境等政策措施。