我国是肉山羊养殖大国，但肉山羊繁殖率普遍偏低，大多每胎只产1～2羔，大大制约了商品羊的生产与发展。加强选育，实施良种工程，以纯种繁育为基础健全良种繁育改良体系是解决这一问题的有效途径。寻找肉山羊高繁殖力相关的分子标记或主基因，运用于标记辅助选择，是快速实施良种繁育与改良的有力手段。为此本实验采用候选基因法，选取了与繁殖性能有关的四个基因片段，即绵羊多胎主基因片段FecX~B和FecG~H，FSHR基因第10外显子区和FSHβ基因5’端调控区，以高繁殖力大足黑山羊，中等繁殖力金堂黑山羊和低繁殖力川东白山羊、南江黄羊、板角山羊为研究对象，寻找这四个基因片段序列在各山羊品种(种群)中的多态分布，期望能与大足黑山羊的产羔性能进行连锁分析，探究两者之间的关系，为大足黑山羊及其它山羊品种的保种、育种和性状改良提供分子遗传学依据。实验共分为两个部分，一是采用PCR-RFLP方法，在大足黑山羊等5个南方山羊品种或种群中，寻找与Cambridge和Belclare绵羊相似的高繁殖力基因FecX~B和FecG~H；另一部分是运用PCR-SSCP方法，检测FSHβ基因5’端调控区和FSHR基因第10外显子区在五个山羊品种(种群)中的多态性分布。实验结果如下：(1)用限制性内切酶DdeⅠ酶切GDF9基因G8突变片段和BMP15基因B4突变片段的PCR产物，五个山羊品种(种群)的二个片段均被酶切完全。五个山羊品种(种群)均为野生纯合子，不存在G8、B4突变位点。(2)采用SSCP技术对FSHR基因第10外显子区的PCR产物进行分析，结果显示FSHR基因第10外显子区在各山羊品种(种群)间无差异，即均为四条带的带型，不存在多态性。(3)采用SSCP技术对FSHβ基因5’端调控区的PCR产物进行分析，电泳结果出现了三种带型，即三条带、四条带和五条带，分别判型为AA、BB、AB。其中以BB型为优势基因型，AB型次之，AA型最少。大足黑山羊有两种基因型(BB、AB)，金堂黑山羊有三种基因型(AA、BB、AB)，川东白山羊只有一种基因型(BB)，板角山羊有两种基因型(BB、AB)，南江黄羊有两种基因型(BB、AB)。经检验，该位点基因型频率在五个山羊品种，(种群)中均处于Hardy-Weinberg平衡状态。对五个山羊品种(种群)进行纯合度、杂合度、有效等位基因数、和多态信息含量(PIC)检验，金堂黑山羊的各项指标最高，川东白山羊最低，变异程度从大到小依次为金堂黑山羊＞板角山羊＞南江黄羊＞大足黑山羊>川东白山羊，只有金堂黑山羊的多态信息含量达到了中等多态水平0.25＜PIC＜0.5，其余山羊品种(种群)表现为多态信息含量极低，甚至没有。(4)对FSHR基因第10外显子区和FSHβ基因5’端调控区的PCR扩增片段产物进行测序，发现FSHR基因第10外显子区的序列与Genebank中提交的山羊序列的同源性为100％，与绵羊、牛、猪、人的同源性分别97％、96％、93％、93％。而扩增的FSHβ基因5’端片段在Genebank中尚未有山羊序列提交，它与绵羊、牛、猪、人的同源性分别为98％、95％、93％和89％，且发现该序列的102bp处有C-G突变。对FSHβ基因5’端调控区片段进行在线motif分析，该序列在13个位点上有八个可能motif，但FSHβ5’区多态位点(102bp)处，未发现有motif的存在。综合我们的研究结果，可以得出以下结论：(1)大足黑山羊，金堂黑山羊，川东白山羊、南江黄羊、板角山羊五个山羊品种(种群)中不存在绵羊多胎突变基因FecX~B和FecG~H，FSHR基因第10外显子区扩增片段未发现有多态现象。说明这三个候选基因片段不能作为所研究这五个山羊品种(种群)繁殖性能辅助选择的分子标记或主基因。(2)实验发现FSHβ基因5’端调控区在五个山羊品种(种群)中有多态现象，出现了三种基因型，各基因型在五个山羊品种(种群)中均处于Hardy-Weinberg平衡状态，未受到人工选育的影响。多态性信息含量(PIC)从大到小依次为金堂黑山羊＞板角山羊＞南江黄羊＞大足黑山羊＞川东白山羊，这一排序与上述品种(种群)报道的繁殖效率高低无线性关系，可以初步排除FSHβ基因5’端调控区扩增片段对山羊繁殖力的影响。(3) FSHR基因第10外显子区和FSHβ基因5’端调控区扩增片段的测序结果，首次在山羊FSHβ基因5’端调控区发现一个C-G点突变位点，但在线motif分析未发现突变位点处有motif存在，说明该突变位点不会影响FSHβ基因的转录。通过Blast比对，FSHR基因第10外显子区扩增片段与山羊、绵羊、牛、猪、人的同源性分别为100％、97％、96％、93％、93％。FSHβ基因5’端扩增片段与绵羊、牛、猪、人的同源性分别为98％、95％、93％和89％。这种同源性均呈递减趋势，进一步证实山羊与绵羊、牛、猪、人在进化上的遗传距离依次递增。