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空肠弯曲杆菌，一种食源性病原茵，给人类带来了严重的经济损失和食品安全问题，盲肠是其主要定殖部位。宿主的遗传背景在鸡抵御空肠弯曲杆菌中起重要作用，不同品系（品种）的鸡对空肠弯曲杆菌的易感性/抗性有显著差异。 mieroRNA(miRNA)是一类长度约22nt的内源性非编码小RNA，与靶基因3UTR结合抑制靶基因的翻译或对靶基因进行切割，在细胞增殖、分化、凋亡、神经发育、脂肪代谢等很多生物学过程中发挥重要作用。最近研究显示，miRNA在细菌、病毒感染中也发挥重要作用。 近几年，Solexa高通量测序技术成为各物种microRNA分析鉴定的有力工具，在鸡上也有部分报道，并且也有与细菌、病毒感染相关的microRNA报道，但与空肠弯曲杆菌感染相关的microRNA表达水平的变化尚未见报道。 根据空肠弯曲杆菌感染后的动态变化及阳性率结果，本研究以感染与非感染空肠弯曲杆菌8h SPF鸡盲肠组织为研究对象，构建感染(T)与非感染(C)状态下盲肠组织的小RNA文库，T1、T2、C1、C2。利用Solexa高通量测序技术分析鉴定感染与非感染鸡盲肠组织中差异表达的miRNA，并对所得高通量测序结果利用荧光定量PCR进行分析验证，同时，利用荧光定量PCR研究部分表达差异的miRNA及其免疫相关靶基因不同时间点的表达情况。结果显示: (1)通过Solexa高通量测序，在T1、T2、C1、C2四个文库中分别获得18182748、17711109、20724738和17804340高质量读数，分别占到其总读数的92.08％、89.08％、94.94％和97.85％;分别获得被注释的reads为16746387、16663306、19862054和16465067。占高质量读数的93.0％、94.8％、96.3％、93.4％;分别获得小RNA序列的数目为423943、370108、297619、449905;分别获得被注释的小RNA序列数为106919、83918、67690、106739。占小RNA序列数的25.2％、22.7％、22.7％、23.7％。 (2)小RNA长度分布统计结果表明:四个文库中小RNA序列主要分布在20-24nt之间，22nt序列最多，在四个文库中分别占到47.98％、50.64％、51.5％和48.6％，其次为21nt和23nt。不同片段长度的小RNA在四个文库中呈现差异分布。 (3)四个文库中共发现已知microRNAs450个，处理组与对照组间共有36个显著差异表达microRNAs，其中25个表达上调调和11个表达下调microRNAs。共发现58个novelmiRNAs。 (4)差异表达miRNA生物信息学分析表明:采用miRanda软件对差异表达的miRNAs进行靶基因预测，共获得7257个非冗余的靶基因。将7257个靶基因在DAVID数据库进行功能富集分析，有7127个基因获得了分类注释，共获得P＜0.05的GO分类注释353条，其中生物学过程注释238条，细胞组分的注释54条，分子功能的注释61条。参与了19条通路，显著性富集的通路有15个(P＜0.05)，富集到了Ubiquitin mediated proteolysis，mTOR signaling pathway, MAPK signaling pathway, Insulin signaling pathway, TGF-betasignaling pathway等信号通路。 (5)差异表达miRNAs的qRT-PCR验证及其免疫相关靶基因的表达情况:在选取的12个miRNAs中，有8个miRNAs同高通量测序结果一致;在选取的9个免疫相关的基因中，CD34、SOCS3表达量显著下调;IL15、CDH11、BCL9、STX16、IL4R、IRF4表达量显著上调;MX无明显变化。 (6)qRT-PCR分析CLOCK相关miRNA不同时间点的表达，结果表明:gga-miR-148a在感染后8h显著上调;gga-miR-30a-5p在感染后24h显著下调;gga-miR-1416-5p在感染后8h显著上调、20h显著下调;gga-miR-30b、gga-miR-30c在感染后8h显著上调、24h显著显著下调。 (7)免疫相关基因不同时间点表达，结果表明:BCL9在感染后4h、24h显著降低，8h、16h显著升高;STX16在感染后8h显著升高，20h、24h显著降低;SOCS3在感染后4h、8h、16h显著降低;IRF4在感染后4h、16h、20h显著降低，8h显著升高。 本研究结果初步确定几个抗空肠弯曲杆菌选育中的重要候选miRNAs及候选基因，为我们深入研究microRNA在空肠弯曲杆菌感染中的作用机制奠定基础，为鸡的分子抗病育种提供理论基础和科学依据。初步确定gga-miR-148a与CLOCK，gga-miR-30b/c与BCL9存在靶向关系，具体作用机制还需进一步通过体外实验进行深入研究。