闽台关系渊源深厚，随着在2001年相继加入WTO，两岸融入了世界经济一体化的轨道中，闽台都面临新的机遇与挑战。福建的地理气候条件与台湾很相似，使得两地农产品出现了相似性与竞争性，在应对加入WTO对农业的冲击而大力发展外向型农业时，两地在国际市场上的产品品种和出口地区雷同引发的相互竞争日益引起人们的关注。鉴于此，分析闽台农产品的竞争力，找到扩大两岸农产品对外贸易的有利因素，加强闽台农业合作的层次和水平，进一步扩展两岸农产品贸易的深度与内涵，有着十分重要的意义。本文通过比较分析闽台农产品贸易现状，运用贸易竞争力指数、显示性比较优势以及国际市场占有率来分析闽台农产品各自存在的优势和整体的竞争力，得出两地贸易规模总量不断扩大，贸易依存度不断扩大，确定闽台农产品在国际市场上有一定的竞争关系，并在近些年有上升的趋势，同时，保持了各自具有比较优势的一些产品，产品相似度有不同程度的提高。总体来说闽台两地农产品贸易存在竞争的同时也存在较强的互补性，加强闽台农业的交流合作可以共同提高两地农产品的国际竞争力，并从直接投资、合理选取重点合作产业与合作方式、加强行业协会之间的沟通与协作、加强闽台农业科技交流与合作和实施多元化策略等角度提出建议。研究结果表明，台湾农产品在国际贸易的总额大于福建农产品，但福建农产品的出口增长速度较快。随着台湾岛内资源、市场的日渐萎缩，农业劳动力的大量减少，农产品成本不断攀升，台湾农产品的比较优势呈下降趋势。而福建气候条件优越、自然资源丰富、生物种类繁多，劳动力丰富且价格低廉，具有很强的比较优势，但福建地区现代农业生产要素缺乏。鉴于闽台农产品竞争力长期下降趋势，同时闽台农产品贸易面临全球化的挑战，闽台应本着优势互补、消除冲突、合理分工的原则，积极加强农业技术、资本和劳务上的交流与合作，形成闽台两地在整个农业产业链上的互补性分工，才能够避免闽台两地因结构趋同所导致的恶性竞争，有利于更好的优化配置两岸的农业资源，共同提升闽台农产品贸易的国际竞争力，最终形成双赢的局面。