宗教可以分为两个部分,“个人宗教”和“制度宗教”,无论从历史事实还是理论角度而言,“个人宗教”都先于“制度宗教”,并且比“制度宗教”更重要、更根本。受早期个人精神生活的影响,詹姆斯重视个人的宗教。在詹姆斯个人的宗教中,个人的情感、意志、意识等非理性部分占据了核心位置。詹姆斯运用早期心理学的意识理论分析上帝概念以及皈依、神启、等宗教现象。意识流由连续不断的意识场构成,每一个意识场都有自己的中心和边缘。意识场周围还存在不被日常意识注意到的阈下意识。他的理论特色在于,认阈下意识领域是神域,认为神启就是阈下意识活动向日常意识的突破。在詹姆斯看来,神启的发生正是阈下意识活动侵入日常意识,上帝居处在个人那里的住所便是阈下意识。意识具有属人的特征,同时意识自已涌现,是一条持续不断的流,这就有了一个问题:人是在意识之内,还是在意识之外。在詹姆斯后期的彻底经验主义理论中,詹姆斯取消了彻底经验的属人特征,彻底经验变成人存在的一个底蕴。詹姆斯的宗教经验在这一个思想转化的过程中起到了承前启后的作用。在宗教经验中,人与宗教对象的交往过程是实际经验地存在和发生的。詹姆斯意义上的上帝是与人的潜意识相连续的“还有(MORE)”,“还有(MORE)”通过与人的阈下意识相接触,使人的潜意识感觉到被一种崇高的力量所控制,并冲破意识场的边缘进入到被人所意识到的意识场中,成为意识场的中心。原先的自我与崇高的力量汇合,完成了个人自我的新生,整个过程都是经验地发生的,是前反思的生活经验。宗教经验在这样的意义上就是彻底经验的,上帝不是超越经验的绝对存在,神启是个人潜在自我的凸显,宗教皈依的过程就是真正的自我走到台前的过程。詹姆斯进一步用他的实用主义思想解释了上帝是否存在,怎样存在,有何意义等问题。詹姆斯指出,只要证明上帝是有用的,它就是存在的。詹姆斯认为我们有着相信上帝存在的情感倾向,正是因为相信上帝存在,以上帝存在为前提,我们的情感才有据可依,不至于空虚,以致陷入悲观。在这种意义上,上帝在有助于人的情感的意义上必然存在,它带来的情感救赎也必然可能。实际上,上帝在詹姆斯那里也在实用的后果中出现,上帝的出现是某个阈下意识突破日常意识的结果,上帝的出现受制于现实的具体情境,他的出现因缘于某个具体的现实事件。上帝因此也是有限的上帝。