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肠道原虫是禽类常见的寄生虫,肠道原虫寄生不仅影响禽类生长发育,甚至造成禽类死亡,给养禽业造成巨大的经济损失。同时有些感染禽类的原虫为人畜共患或具人畜共患潜力的原虫,禽类可成为人类这些原虫的感染来源,在公共卫生上具有重要的意义。近年来,安徽省养鸡业发展迅速,尤其是散养鸡数量快速增加,但散养鸡寄生虫病的防控严重滞后,尤其是很多肠道寄生虫的流行情况目前尚属空白。鉴于此,本研究拟对安徽省多地散养鸡群中T.gallinarum、Cryptosporidium、E.bieneusi、G.duodenalis、Blastocystis sp.和H.meleagridis 进行分子流行病学调查,以期为安徽省散养鸡寄生虫病的防控及评价散养鸡在一些人兽共患原虫传播过程的作用和公共卫生意义等提供参考。为确定安徽省散养鸡群中T.gallinarum的流行情况,本研究从安徽省滁州市明光市、宿州埇桥区、淮南市凤台市、宣城市宁国市、阜阳市太和县、六安市金安区等散养鸡场共采集了829份新鲜鸡粪便样品,提取所有样本基因组DNA后,利用T.gallinarum SSU rRNA基因特异的PCR方法对上述散养鸡所有粪便样品进行检测,以确定安徽省散养鸡群中T.gallinarum感染情况,同时对获得的阳性扩增产物进行测序和分析。结果显示安徽省散养鸡群中T.gallinarum感染染率为2.1%（17/829）,其中宿州感染率为4.6%（5/108）,淮南为4.0%（2/50）,滁州为 1.0%（1/99）,其余各地未检出T.gallinarum。SSU rRNA序列分析显示本次获得的16个序列均为T.gallinarum,共得到3种代表性T.gallinarum SSU rRNA基因,系统发育树显示所有T.gallinarum 的虫株均聚在一个分支内,本研究获得的三种序列位于不同的簇中,暗示本研究获得的鸡T.gallinarum SSU rRNA基因具有一定的遗传多样性。为进一步确定安徽省散养鸡群中隐孢子虫的流行及虫种/基因型分布情况,对上述散养鸡粪便样品基因组DNA,利用隐孢子虫18s rRNA基因特异的PCR方法对所有样品进行检测,确定上述地区散养鸡群中隐孢子虫感染情况,同时对获得的鉴定为C.meleagridis的样本进行gp60基因扩增与分析,以鉴定C.meleagridis的基因亚型。结果显示安徽省散养鸡群中隐孢子虫感染率为1.3%（11/829）,其中宿州感染率为4.6%（5/108）,淮南为2.0%（1/50）,宣城 1 为2.6%（3/116）,宣城2为2.1%（2/96）,其余各地未检出隐孢子虫阳性样品。序列分析显示,本研究共检出4种隐孢子虫虫种,即C.baileyi、C.meleagridis、C.galli和Cryptosporidium sp.（C.bovis-like）,其中C.baileyi是优势虫种。gp60基因分析显示本研究中获得的2个C.meleagrids基因亚型均为ⅢbA26G1R1b。为进一步确定安徽省散养鸡群中E.bieneusi的流行及基因型分布情况,对上述散养鸡粪便样品基因组DNA,利用E.bieneusi ITS基因特异的PCR方法对所有样品进行检测,以确定上述地区散养鸡群中E.bieneusi感染情况,同时对获得的阳性扩增产物进行测序,以确定其基因型。结果显示安徽省散养鸡群中E.bieneusi总感染率为1.6%（13/829）,ITS基因序列分析显示本研究共获得6个E.bieneusi基因型,包括1种已知基因型D和5种新基因型AHC1,AHC2,AHC3,AHC4,AHC5。进化树构建显示本研究所获得的基因型均属于Group 1。为进一步确定安徽省散养鸡群中G.duodenalis的流行及基因型分布情况,对上述散养鸡粪便样品基因组DNA,利用G.duodenalis SSU rRNA基因特异的PCR方法对所有样品进行检测,确定上述地区散养鸡群中G.duodenalis污染情况。结果显示本次调查散养鸡群中未发现G.duodenalis阳性样本,暗示安徽省散养鸡场周围环境中没有G.duodenalis污染。为进一步确定安徽省散养鸡群中Blastocystis sp.的流行及基因型分布情况,对上述散养鸡粪便样品基因组DNA,利用Blastocystis sp.18s rRNA基因特异的PCR方法对所有样品进行检测,确定上述地区散养鸡群中Blastocystis sp.感染情况,同时对获得的阳性扩增产物进行测序,把所获序列提交到Blastocystis sp.18S数据库以确定其基因型和18S等位基因情况。结果显示安徽省散养鸡群中Blastocystis sp.的总感染率为1.5%（12/829）,其中滁州感染率为1.0%（1/829）,宿州为6.5%（7/829）、宣城1场为3.5%（4/829）,其余各地未检出Blastocystis sp.阳性样品。18S序列分析显示共得到两种基因亚型,即ST6和ST7,等位基因分析显示ST6仅有1个新等位基因Novel allele 1,ST7有1个已知的等位基因allele 96和2个新等位基因Novel allele 2和 Novel allele 3。为进一步确定安徽省散养鸡群中H.meleagridis的流行情况,对上述散养鸡粪便样品基因组DNA,利用H.meleagridis 18s rRNA基因特异的巢式PCR方法对所有样品进行检测,确定上述地区散养鸡群中H.meleagridis感染情况。结果显示巢氏PCR反应中组织滴虫感染率为0.2%（2/829）,且2个阳性样品均分布在六安,感染率为0.8%（2/239）。