喜旱莲子草原产南美洲,是全球性的入侵物种,是中国国家环保部确定的第一批危害最严重的入侵植物之一。据中文文献记载,中国的喜旱莲子草是20世纪30年代日本侵华期间,作为军马饲料引入中国;但日文文献到1990年代才首次报道喜旱莲子草。喜旱莲子草中国种群和日本种群的来源和引种关系一直不明确。为此,本研究利用分子标记技术解析中国和日本不同地理种群之间的遗传关系,包括其遗传结构和表观遗传结构,同时用原产地阿根廷地区的喜旱莲子草样本作为背景,探讨中国和日本喜旱莲子草种群可能的地理来源。研究结果如下:(1)为了解析遗传结构,利用9对扩增引物对中国地区和日本地区的喜旱莲子草样本进行AFLP检测,得到573条条带,其中未发现有多态性条带,由此可以确定中国和日本两地的喜旱莲子草具有相同的遗传组成。(2)为了解析表观遗传结构,利用5对扩增引物对中国地区和日本地区的喜旱莲子草样本进行甲基化敏感片段长度多态性(MSAP)检测,扩增出258个位点,其中发生甲基化变异的位点有131个。日本喜旱莲子草种群间的DNA甲基化变异为87%,中国喜旱莲子草种群间DNA甲基化变异为60%,中日两地区间的DNA甲基化差异为21%,表明中国和日本种群在表观遗传组成存在显著差异。(3)与入侵地种群的遗传单一性不同,原产地的喜旱莲子草种群存在丰富的遗传变异。利用4对筛选出来的扩增引物对原产地阿根廷地区的样本进行AFLP检测,得到了251条扩增条带,其中含有209条多态性条带,多态率高达83.3%,几乎每个个体都具有不同的多位点基因型。(4)为了解析日本和中国种群的可能的地理来源,将三个地区的AFLP数据进行整合分析,从PCo A、Structure分析和NJ构树的结果看,阿根廷的胡胡伊省种群与中日两地的亲缘关系最近,有可能是其地理来源。综上所述,日本和中国的喜旱莲子草种群有相同的遗传组成,且与阿根廷胡胡伊省种群的遗传关系比较接近;中国和日本两地种群的表观遗传结构差异显著,可能是响应不同环境的结果。以上结果为喜旱莲子草的管理和防治工作提供了参考依据。