我国于2012年底提出了创新驱动发展战略,再次提升了创新在国家战略体系中的地位。作为国家创新系统的重要部分,高新区的创新能力健康发展对创新发展战略全局有重要意义,从1951年美国斯坦福大学建立“硅谷”到现在,世界范围内的高新区蓬勃发展,表现出强大的经济增长动力,高新技术企业的产业化集群往往能成为区域经济的新增长极,所以高新区建设受到各国的重视。但是目前我国高新区发展也遇到了问题,其中突出一点是高新区区域发展不协调,如何认识、分析、适应这种不协调性对国家发展全局有重要意义。本文首先从高新区管理体制、产业集群、综合评估体系、创新能力指标,以及创新能力差异测量方法等方面,梳理了国内外高新区相关文献,了解国内外研究动态;其次介绍了区域创新系统、创新增长极、孵化器等高新区创新理论,以及使用的Dagum基尼系数法、改进的因子分析法和Kernel核密度估计等数理模型方法;然后根据我国高新区创新特点,构建出包括创新投入、产出、支撑环境3个二级指标和15个三级指标的高新区创新能力指标体系。在实证研究方面,本文选取我国2008-2017年的28个省市(西藏、青海、宁夏除外)的高新区创新面板数据,使用改进的因子分析法合成各省市在考察期内历年的高新区创新能力指标值,利用Dagum基尼系数法计算结果刻化我国东部、中部和西部三大区域的高新区创新能力差异,并通过绘制全国以及东中西区域的高新区创新能力指标和GDP指标的三维Kernel核密度估计演进图形,展示高新区创新能力的演变过程。结果发现:(1)区域高新区创新能力发展具有“马太效应”,创新能力的分布差距要远大于GDP的分布差距;(2)2012年创新驱动战略的实施引起区域创新能力差距水平的提升,但差距增长速度没有变化;(3)高新区创新能力发展具有“门槛效应”,高新区创新活动的高门槛使得西部落后地区高新区创新能力发展缓慢甚至倒退。结合我国高新区的差异和演变过程等结果,本文最后提出以发挥创新领先集团的优势,设立区域高新区创新中心,以点带面带动区域协调发展;并在全国整体范围内促进高新区创新中心的联动,消除行政、行业壁垒,促进创新资源的有序流动等建议。