深度测序鉴定玉米病毒及玉米黄化花叶病毒的RT-LAMP检测体系构建

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玉米病毒病是危害玉米生产的主要病害之一,在生产中快速、准确的鉴定引起玉米病毒病害的病原尤为关键。然而,传统的植物病毒鉴定技术具有一定局限性。利用小RNA深度测序技术在检测病毒种类上具有明显的优势,是当前植物病毒鉴定最为重要的方法。本研究采集了云南省永胜县(YS4-1)、武定县(WD1-2,WD3-1)和元谋县(YM3-1)表现为褪绿斑驳、花叶、黄化和坏死等4个典型症状的四种样品作为鉴定对象。利用小RNA深度测序技术对各个样品中的玉米病毒进行鉴定。得到如下的结果:(1)利用小RNA深度测序技术,进行总RNA提取、文库构建、文库质检,用HiSeq TM 2500进行测序,用bowtie、velvet软件分析后分别获得62条、126条、93条、68条contigs,NCBI 比对分析发现:样品YS4-1中检测到甘蔗花叶病毒(SCMV)和玉米相关的整体病毒1(MATV1);样品WD1-2和WD3-1中检测到玉米黄化花叶病毒(MaYMV);样品YM3-1中含有甘蔗花叶病毒(SCMV)和玉米褪绿斑驳病毒(MCMV)。(2)利用已报道的MaYMV基因组序列设计环介导等温扩增技术(Loop-mediated isothermal amplification,LAMP)检测引物(F3:TGGTGGTTACGCTTCATGTG;B3:TCCCAACCTGGAGGTCCTTG;FIP(Flc+F2):TTCTCCTTTCTGGGCCGTTTTGCT TGCTTAATGGTAGCAAT;BIP(Bl+B2c):CAGGACTGGTAACAAGATCATTTTCTCAC GTCGGAATTCGTGGT)。结果表明,反应温度为65℃、反应时间为60min时该方法可以快速、准确的检测到MaYMV。并且利用LAMP技术在样品WD1-2和WD3-1中快速检测到MaYMV。
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